extract_splice_sites.py hg19.ncbiRefSeq.gtf > genome.ss#建立indexhisat2-build hg19.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran 官网提示如果使用ss、exon或snp参数建立index需要高达200G内存,若只建立基因组index,仅需8G内存。所以加转录组的index最好直接下载。
3. 运行hisat2的索引构建命令,指定参考基因组序列和输出目录 使用hisat2-build命令来构建索引。你需要指定参考基因组的FASTA文件以及输出索引文件的目录。 bash # 示例:构建hisat2索引 hisat2-build Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa hisat2_index 4. 验证索引构建是否成功 索引构建完成后,你应该能...
extract_exons.py gencode.v26lift37.annotation.sorted.gtf>hg19.exons.gtf&extract_splice_sites.py gencode.v26lift37.annotation.gtf>hg19.splice_sites.gtf 建立index, 必须选项是基因组所在文件路径和输出的前缀 hisat2-build--ss hg19.splice_sites.gtf--exon hg19.exons.gtf genome/hg19/hg19.fa hg19 ...
HISAT2 version 2.1.0 by Daehwan Kim (infphilo@gmail.com, http://www.ccb.jhu.edu/people/infphilo) Usage: hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_index_base> reference_in comma-separated list of files with ref sequences 以逗号分隔的参考序列文件的列表 hisat2_index_base write ht2...
# 建立index, 必须选项是基因组所在文件路径和输出的前缀,其实hisat2-buld在运行的时候也会自己寻找exons和splice_sites hisat2-build Oryza_sativa.IRGSP-1.0.genome hisat2 --dta -p 6 --max-intronlen 5000000 -x Oryza_sativa.IRGSP-1.0.genome -1 C1-1_good_1.fq -2 C1-1_good_2.fq -S C1-...
# 建立index, 必须选项是基因组所在文件路径和输出的前缀 hisat2-build --ss hg19.splice_sites.gtf --exon hg19.exons.gtf genome/hg19/hg19.fa hg19 五、Hisat2的用法 安装完成以后,可以使用hisat2 -h来查看软件的帮助文档。 1.软件用法: 2.常用参数: ...
If you use --snp, --ss, and/or --exon, hisat2-build will need about 200GB RAM for the human genome size as index building involves a graph construction. Otherwise, you will be able to build an index on your desktop with 8GB RAM. ...
hisat2-build -p 16 genome.fa genome Usage: hisat2-build [options]* <ref_in> <ht2_index_basename> PE reads alignment(分不同组织分别运行) hisat2 -x <hisat2_index_basename> -1${sample}_clean_R1.fq.gz -2${sample}_clean_R2.fq.gz --dta -t -p 48 2>HISAT2.err | samtools ...
3.--large-index 强制hisat2-build建立一个大的索引，即使参考的长度小于~ 40亿个核苷酸。4.-a/--noauto 禁用hisat2-build根据可用内存自动选择--bmax，--dcv和[--packed]参数的这一默认行为。相反，用户可以为这些参数指定值。如果内存在构建索引期间耗尽，将输出错误信息；由用户决定是否尝试新的...
HISAT2是一款是由Daehwan Kim、Christopher Bennett和Steven Salzberg(Johns Hopkins University)等人开发的高效的基因组比对软件,专为高通量测序数据设计,用于比对大规模RNA序列数据到参考基因组。HISAT2是HISAT的升级版,引入了几个关键技术,...