直接在网站http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#index下载已建好的index 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 wget-c https://genome-idx.s3.amazonaws.com/hisat/grch38_genome.tar.gz 2.自己构建index hisat2可以自己建立index文件,如果没有现成的index的话,那就得自己去建立了...
#建立索引(找到对应路径下的转录本库/基因库/染色体库以hisat2-build建立索引)#该流程以IRGSP数据库的水稻转录本库为例(支持格式*.fasta(注释库:gene, transcripts, CDS.fasta)/*.fna(原始基因组序列))#注释库:通常用于得到readcount以进行后续表达量分析;基因组(染色体序列):通常用于后续测序结果可视化hisat2-b...
#建立index hisat2-build hg19.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran 官网提示如果使用ss、exon或snp参数建立index需要高达200G内存,若只建立基因组index,仅需8G内存。所以加转录组的index最好直接下载。发布于 2020-05-21 16:47 核糖核酸(RNA) DNA序列 二代测序...
hisat2-build建立索引所需的SNP文件 这里对SNP文件的要求是 :(https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#the-hisat2-build-indexer): 这里的格式是:rs58784443 single 13 18447947 T 每一列分别为:SNP ID <tab> snp type (single, deletion, or insertion) <tab> chromosome name <tab>zero-of...
二、构建索引Index Hisat2和STAR在比对时都需要索引文件,对于人及小鼠及常用模式生物,Hisat2官网提供了相应的索引文件,下载后就能用,对于非模式生物,需要自己建立索引文件。 区别于bowtie2的索引只有基因组序列信息,Hisat2建立索引时,应该把转录组信息加进去,此外,Hisat2还支持将SNP信息加入到索引中,这样比对的时候...
# 建立index, 必须选项是基因组所在文件路径和输出的前缀 hisat2-build --ss hg19.splice_sites.gtf --exon hg19.exons.gtf genome/hg19/hg19.fa hg19 五、Hisat2的用法 安装完成以后,可以使用hisat2 -h来查看软件的帮助文档。 1.软件用法: 2.常用参数: ...
options选项包括-f(用于比对的输入文件是FASTA文件)、-c(在命令行中给出参考序列,即<reference_in>是一个用逗号分隔的序列列表,而不是FASTA文件的列表)、--large-index(强制hisat2-build建立一个大的索引,即使参考序列的长度小于~40亿bp核苷酸长度)、-a/--noauto(禁用默认行为,即hisat2-build根据可用内存自动...
3.--large-index 强制hisat2-build建立一个大的索引，即使参考的长度小于~ 40亿个核苷酸。4.-a/--noauto 禁用hisat2-build根据可用内存自动选择--bmax，--dcv和[--packed]参数的这一默认行为。相反，用户可以为这些参数指定值。如果内存在构建索引期间耗尽，将输出错误信息；由用户决定是否尝试新的...
HiSat2-build建立索引 HISAT2 version 2.1.0 by Daehwan Kim (infphilo@gmail.com, http://www.ccb.jhu.edu/people/infphilo) Usage: hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_index_base> reference_in comma-separated list of files with ref sequences ...
安装和使用方面，Hisat2有多种途径。可以使用conda进行安装，命令为：$ conda install -c bioconda hisat2。或者下载安装包（如2.2.1.0版本）并解压，还需修改环境变量。对于索引的建立，无论是下载官方提供的物种特定index，还是针对非模式物种自建，Hisat2-build命令都是关键步骤。对于序列比对，首先...