hisat2建立索引的时候支持将SNP的信息考虑进基因组中,在比对的过程中,不会将Alt SNP当做mismatch看待。 hisat2-build -p 8 --snp hisat2_snps.txt hg19.fasta hisat2_index/ 这里对SNP文件的要求是 :(https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#the-hisat2-build-indexer): 这里的格式是:rs5...
hisat2-build 建立索引的时候出现Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1) 在使用hisat2建立转录本的索引文件的时候报错 extract_exons.py hg19.gff > hg19.exons extract_splice_sites.py hg19.gff > hg19.ss hisat2-build --exon hg19.exons -ss hg19.ss -p 6 hg19.fa hg19 ...