基于Linux-bash合并步骤流程(已调教) 1、hisat2-build流程同上所述(第一步) #因为索引可以重复调用,不同数据库所需索引不一致,所以不纳入连续化脚本了(这里引用同上句段)hisat2-build -p30 ~/disk/O.sativa/IRGSP-1.0_transcript_2022-09-01.fasta Os_tran 2、hisat2-align批量化执行(第二步) vim hisa...
-c: 在命令行中给出参考序列,即<reference_in>是一个用逗号分隔的序列列表,而不是FASTA文件的列表。 --large-index: 强制hisat2-build建立一个大的索引,即使参考序列的长度小于~40亿bp核苷酸长度。 -a/--noauto: 禁用默认行为,即hisat2-build根据可用内存自动选择。 --bmax <int>: 一个区块中允许的最大...
hisat2-build-p20hg19.fa hg19 对于转录组数据,在构建索引时,可以通过gtf文件,得到剪切位点和exon的信息,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 hisat2_extract_splice_sites.py hg19.gtf>hg19.ss hisat2_extract_exons.py hg19.gtf>hg19.exon hisat2-build-p20--ss hg19.ss--exon ...
hisat2-build --ss genemo.ss --exon genemo.exon genemo_data/genome/genemo.fa genemo_tran 这是一个使用Hisat2软件构建基因组索引的命令。下面是各个参数的详细解释: --ss genemo.ss:指定包含剪接位点信息的文件路径和文件名,这里使用的是从genemo基因组的基因注释文件中提取的剪接位点信息文件genemo.ss...
大索引(Large indexes):对于长度超过40亿核苷酸的基因组,hisat2-build会构建一个“大索引”,在这种索引中使用64位数字。大索引的文件扩展名为.ht2l。 而这种大小索引的构建,无需用户指定,HISAT2会根据参考基因组的大小自动选择合适的索引类型进行构建和使用 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 mk...
报错原因时参考基因组较大,导致建索引失败,可以使用--large-index解决,命令如下: hisat2-build --large-index -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel.fa Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel...
# 示例:构建hisat2索引 hisat2-build Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa hisat2_index 4. 验证索引构建是否成功 索引构建完成后,你应该能在指定输出目录下看到多个以.ht2为后缀的文件。这些文件共同构成了hisat2的索引。 你可以通过检查这些文件是否存在来验证索引构建是否成功: bash # 示例:检查索...
Hisat2的linux安装极为简单,基本就不用安装,囧!!!直接unziphisat2.zip解压的目录里就有可运行的文件。 接下来是运行hisat2: 第一步是使用hisat2-bulid建立索引文件。这个程序类似于botwie。首先要下载基因组genome.fa然后输入命令将基因组文件生成索引文件。命令行如下: hisat2-build –f /注释文件路径/genome...
hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by hisat2-build)hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by hisat2-build)hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (...
三、Hisat2索引的构建 准备基因组序列文件作为输入数据。 若使用.gff文件进行额外处理，需通过hisat2_extract_splice_sites.py和hisat2_extract_exons.py脚本转换外显子与剪切位点信息文件。 使用hisat2build命令构建索引，整合剪切位点信息、外显子信息与基因组序列文件。四、Hisat2的序列比对 通过命令...