hisat2-build建立索引所需的SNP文件 代码语言:javascript 代码运行次数: hisat2-fasta hisat2_index 这里对SNP文件的要求是 :(https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#the-hisat2-build-indexer): 这里的格式是:rs58784443 single 13 1844794
hisat2建立索引的基本步骤包括准备参考基因组文件、使用hisat2_extract_exons.py和hisat2_extract_splice_sites.py脚本提取外显子和剪接位点信息,然后使用hisat2-build命令构建索引。 详细步骤 准备参考基因组文件 下载或获取参考基因组的FASTA文件(如hg19.fa)。 确保FASTA文件格式正确,且文件路径无误。 提取外显子...
1.优化了索引建立策略 hisat2应用了基于bowtie2的方法去处理很多低水平的用于构建和查询FM索引的操作。但是与其它比对器不同的是,该软件应用了两类不同的索引类型:代表全基因组的全局FM索引和大量的局部小索引,每个索引代表64000bp的区域。以人类基因组为例,创建了约48000个局部索引,每一个索引与其相邻索引重叠1024...
1、hisat2-build流程同上所述(第一步) #因为索引可以重复调用,不同数据库所需索引不一致,所以不纳入连续化脚本了(这里引用同上句段)hisat2-build -p30 ~/disk/O.sativa/IRGSP-1.0_transcript_2022-09-01.fasta Os_tran 2、hisat2-align批量化执行(第二步) vim hisat2-align.sh#建立bash脚本文件,将下...
<ht2_base>是要写入的索引文件的前缀名(会产生许多以此前缀名为开头的文件)。options选项包括-f(用于比对的输入文件是FASTA文件)、-c(在命令行中给出参考序列,即<reference_in>是一个用逗号分隔的序列列表,而不是FASTA文件的列表)、--large-index(强制hisat2-build建立一个大的索引,即使参考序列的长度小于~40...
三、Hisat2索引的构建 准备基因组序列文件作为输入数据。 若使用.gff文件进行额外处理，需通过hisat2_extract_splice_sites.py和hisat2_extract_exons.py脚本转换外显子与剪切位点信息文件。 使用hisat2build命令构建索引，整合剪切位点信息、外显子信息与基因组序列文件。四、Hisat2的序列比对 通过命令...
$ hisat2-build genome.fa genome.fa ##参考基因组的索引建立 可添加参数说明: -p 线程数,根据计算机和参考基因组情况进行修改; --large-index,4G以上的基因组推荐加上这个参数; index建立完成后,会生成8个ht2结尾的文件,示例如下: 2.序列比对
强制hisat2-build建立一个大的索引，即使参考的长度小于~ 40亿个核苷酸。4.-a/--noauto 禁用hisat2-build根据可用内存自动选择--bmax，--dcv和[--packed]参数的这一默认行为。相反，用户可以为这些参数指定值。如果内存在构建索引期间耗尽，将输出错误信息；由用户决定是否尝试新的参数。5.--bmax ...
在进行比对前,首先需要对参考基因组建立索引, 基本用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 hisat2-build-p20hg19.fa hg19 对于转录组数据,在构建索引时,可以通过gtf文件,得到剪切位点和exon的信息,用法如下 代码语言:javascript 代码运行次数:0 ...
#建立index hisat2-build hg19.fa --ss genome.ss --exon genome.exon genome_tran 官网提示如果使用ss、exon或snp参数建立index需要高达200G内存,若只建立基因组index,仅需8G内存。所以加转录组的index最好直接下载。发布于 2020-05-21 16:47 核糖核酸(RNA) DNA序列 二代测序...