# 示例:检查索引文件 ls hisat2_index* 如果输出显示了类似hisat2_index.1.ht2, hisat2_index.2.ht2, hisat2_index.3.ht2, hisat2_index.4.ht2, hisat2_index.5.ht2, hisat2_index.6.ht2, hisat2_index.7.ht2, hisat2_index.8.ht2的文件,那么索引构建就成功了。 5. (可选)对构建...
AI代码解释 HISAT2version2.1.0by DaehwanKim(infphilo@gmail.com,www.ccb.jhu.edu/people/infphilo)Usage:hisat2[options]*-x<ht2-idx>{-1<m1>-2<m2>|-U<r>}[-S<sam>]<ht2-idx>Index filenameprefix(minus trailing.X.ht2).索引文件的前缀<m1>Fileswith#1mates,pairedwithfilesin<m2>.Could b...
hisat2可以自己建立index文件,如果没有现成的index的话,那就得自己去建立了,这个就比较麻烦而且耗内存和时间 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 其实hisat2-buld在运行的时候也会自己寻找exons和splice_sites,但是先做的目的是为了提高运行效率 extract_exons.py gencode.v26lift37.annotation....
hisat2使用bowtie2类似的算法,但是运行速度有很大提高;hisat2建立index支持基因组与转录同时建立index。 RNA-seq也推荐BWA、STAR进行比对,BWA支持拼接比对(spliced alignment)。 二、建立index 1.可直接下载hisat2官网index,有基因组,基因组+SNP,基因组+SNP+转录组三种类型index文件供下载。
Hisat2的安装及使用步骤如下：一、安装 官网下载：访问Hisat2的官方网站，在Download页面获取预编译的二进制程序与Index文件。解压安装：下载的文件通常为压缩包格式，直接解压即可使用，无需额外的安装步骤。解决依赖问题：如遇到依赖库libstdc++.so.6版本过低的问题，可选择下载较低版本的Hisat2以确保...
二、构建索引Index Hisat2和STAR在比对时都需要索引文件,对于人及小鼠及常用模式生物,Hisat2官网提供了相应的索引文件,下载后就能用,对于非模式生物,需要自己建立索引文件。 区别于bowtie2的索引只有基因组序列信息,Hisat2建立索引时,应该把转录组信息加进去,此外,Hisat2还支持将SNP信息加入到索引中,这样比对的时候...
? Repository name hisat2_index-docker ? Description ? Visibility Public ✓ Created repository adeslatt/fastqc-docker on GitHub ? Add a remote? Yes ? What should the new remote be called? origin ✓ Added remote https://github.com/adeslatt/hisat2_index-docker.git ? Would you like to ...
3、测序数据: 我们的代码部分具体包括4个部分哦: Step1:为参考序列构建index Step2:使用Hisat2比对 Step3:格式转换 Step4:软件查看 这就开始吧! Step1:为参考序列构建index(此处往下为收费内容,关注公众号,回复“代码”可以免费领取代码相关内容)
一、官网下载与安装 访问Hisat2官网(网址略)，在Download页面可直接获取预编译的二进制程序与Index文件。无需额外安装，直接解压即可。下载并解压后，可能会遇到依赖库libstdc++.so.6版本过低的问题。为避免复杂操作，可选择较低版本的Hisat2，确保成功安装。二、构建索引 Hisat2与STAR均需索引文件支持。
Hisat2是Hisat的升级版,它在Hisat的基础上进行了优化和改进,主要有以下几个方面: 1. Hisat2使用了两种索引:全局索引和局部索引。全局索引是基于Burrows-Wheeler Transform (BWT)和Ferragina-Manzini (FM) index的方法,可以快速定位reads在基因组上的大致位置;局部索引是基于哈希表的方法,可以对reads进行精确的扩展和...