HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人携手推出HTSeq — A Python framework to work with high-throughput sequencing data。自发布以来就备受广大分析人员青睐,其提供了许多功能给那些熟悉python的大佬们去自信修改使用,同时也兼顾着给小白们提供了两个可以...
test1 path/to/test1/test1.gtf test2 path/to/test1/test2.gtf test3 path/to/test1/test3.gtf test4 path/to/test1/test4.gtf # 提取合并count结果,-i为输入sample_list prepDE.py -i sample_list.txt # 生成gene_count_matrix.csv和transcript_count_matrix.csv文件8...
Stringtie的输出类型是FPKM,而DESeq2的输入要求是count。所以要多一步转换,stringtie官方是给出一个python脚本的——prepDE.py (ccb.jhu.edu/software/st)。这个脚本官网的意思是来自一个实习的高中生(先敬个礼),16年写出以后是没有更新过的,至今也要在python2的环境下运行。但是直到19年2月份stringtiev.1.3.6...
基因差异表达分析是转录组研究的关键步骤。DESeq2是专门针对转录组数据的差异表达分析工具，其不支持无生物学重复的数据，而EdgeR则提供了差异分析所需的count.matrix，通过EdgeR.R脚本进行分析，辅助研究者识别基因表达变化。
简介:Hisat2+FeatureCounts+DESeq2流程+作图! featureCounts是一个用来统计count数的软件,运行的速度飞快,比之前用的htseq-count快了好多好多。 照例先说一下怎么下载这个软件: wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.2/subread-1.6.2-Linux-x86_64.tar.gztar -zxvf subread-1.6....
hisat2是一款短序列比对的工具,主要用于RNA-seq数据的比对,hisat2使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用。下面简单介绍如何使用hisat2进行转录组的数据比对。 1)下载和安装 2)建立索引 和其他的比对软件一样,hisat2也需要建立自己的索引,我们可以下载官方已经建立好的索引(如H. sapiens索引): ...
且随着真实阳性对数2倍变化阈值的增加，其优势更为明显。综上所述，综合性能指标和软件组合方式的评估结果显示，DESeq2是最好的选择，而Ballgown的准确性始终相对较低。因此，对于希望深入学习bulk RNA-seq数据分析的研究者来说，这篇文章提供了一个宝贵的参考，强调了选择正确工具的重要性。
deseq2transcriptomehisat2oysterstringtie UpdatedDec 24, 2021 R These are tutorials on a subset of tools available for processing raw RNAseq data. This if for HISAT2_SAMtools_Stringtie_gffcompare_ballgown pipeline or HISAT2_SAMtools_Stringtie_PrepDEanalysis.py_DESeq2 pipeline ...
hisat2官网为ccb.jhu.edu/software/hi...，你可以通过官网获取更多信息。早期的RNAseq分析常用tophat+cufflinks，但如今，DEseq和edgeR等R包成为了主流分析手段。2016年，作者推出hisat+StringTie+Ballgown的组合方案，这套工具链成为RNAseq分析的新标准，其在比对、拼接和定量分析上表现出色。下载安装hisa...
RNA-seq: RseQC/tophat2/STAR/Hisat/htseq/cufflinks/cummedund/edgeR/DeSeq/Trinity/TransDecoder/GMAP Evolution: muscle/figtree/PhyML/seq2HLA/Plink/ Other: LiftOver/ PICNIC/mutsig/Matlab MCR/tRNAscan-SE/FLASH/igBlast/IGV R语言软件包:GEOquery/affy/limma/ GOstats/ConsensusClusterPlus/SPIA/ seqinr/ An...