perl CountToFPKM.pl 04_Result/Stringtie/featureCounts/01.all.count.txt > 04_Result/Stringtie/featureCounts/02.all.FPKM.txt 一、写在前面 今天分享一个转录组上游分析的流程(Hisat2-Stringtie-Count),此流程的操作依旧是非常简单的。我们的流程主要使用软件的安装、数据下载、过滤、比对、Count、Count To FPKM...
2. 流程介绍 1、使用HISAT将读段匹配到参考基因组上,使用者可以提供注释文件,但HISAT依旧会检测注释文件没有列出来的剪切位点。 2、比对上的reads将会被呈递给StringTie进行转录本组装,StringTie单独的对每个样本进行组装,在组装的过程中顺带估算每个基因及isoform的表达水平。 3、所有的转录本都被呈递给StringTie的...
stringtie --merge -p 6 -G sheep.gtf -o black_stringtie_merged.gtf mergelist.txt stringtie -e -B -p 6 -G black_stringtie_merged.gtf -o sec_gtf/sample_1C/str_1C.gtf 1C.sorted.bam 第二种情况: #不经过融合多个样本的结果这一步骤后,可以很好的避免差异分析中大量的STRING.xxx stringtie -...
上游利用了hisat2进行比对(网上教程颇多,这里不再赘述),整个采用的是hisat2+StringTie+ballgown; 2.StringTie 差异分析应用,StringTie有两种模式,官方推荐和fast模式; StringTie--merge功能可生成在所有样本中均出现的非冗余转录本;输入文件是上一步生成的组装文件(GTF格式)和参考注释文件(我这里使用的是gencodeV29)...
snakemake学习笔记002:hisat2+samtools+stringtie流程转录组分析,今天的内容增加了config文件config文件主要用来指定文件的存贮路径snakemake文件的内容后面转录本定量的步骤还没有写完,好像...
这个就是学徒作业啦,使用aspera高速下载ebi数据库里面的这个转录组原始测序数据,然后走hisat2+stringtie+ballgown流程,摸索这些软件的用法,如果你能比较轻松的完成,欢迎参加:生信技能树知识整理实习生招募,长期招募,也可以简单参与软件测评笔记撰写,开启你的分享人生!
流程介绍该流程包含多个关键步骤，以确保全面且准确的转录组分析：使用HISAT将读段匹配到参考基因组上，支持提供注释文件，并检测注释文件未列出的剪切位点。比对结果由StringTie处理，进行转录本组装，每个样本独立组装，并估算基因及isoform的表达水平。StringTie的merge函数整合所有样本的转录本，确保所有样本中都...
那么,我们要做转录组分析,不可避免的就是要使用到hisat2、Stringtie和edgeR这三个软件,并且这三个软件也是目前转录组分析的主流流程。那么本系列前几篇将先介绍一下这三个软件的使用。考虑到原文档太过繁琐,我会尽量简化一下hisat的使用文档。但是,如果读者想要知道细节,或者觉得我介绍的不够准确,可以去官网查看。
stringtie -e -B -p 4 wt_Rep1.sorted.bam -G stringtie_merged.gtf -o athaliana_wt_Rep1/athaliana_wt_Rep1 stringtie -e -B -p 4 wt_Rep2.sorted.bam -G stringtie_merged.gtf -o athaliana_wt_Rep2/athaliana_wt_Rep2.count -A athaliana_wt_Rep2/wt_Rep2_gene_abun.out stringtie -e...
http://www.bio-info-trainee.com/1022.html,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用。我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软件的!然后自己找一个...