hisat2使用bowtie2类似的算法,但是运行速度有很大提高;hisat2建立index支持基因组与转录同时建立index。 RNA-seq也推荐BWA、STAR进行比对,BWA支持拼接比对(spliced alignment)。 二、建立index 1.可直接下载hisat2官网index,有基因组,基因组+SNP,基因组+SNP+转录组三种类型index文件供下载。 2.自己建立index #下载...
Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 两种算法的索引框架。使用了两类索引去比对,一类是全基因组范围的FM索引来锚定每一个比对,另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展。比对原理可阅读文献原文:HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements...
Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 两种算法的索引框架。使用了两类索引去比对,一类是全基因组范围的FM索引来锚定每一个比对,另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展。比对原理可阅读文献原文:HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements...
Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 两种算法的索引框架。使用了两类索引去比对,一类是全基因组范围的FM索引来锚定每一个比对,另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展。比对原理可阅读文献原文:HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements...
但是rf文件还不确定有何用,经研究和设置的线程数有关,8个线程即生成8个rf文件,20个线程即生成20个rf文件。 至此,小麦RNA-seq索引文件构建完毕,本人连续3次构建了小麦的index文件,文件大小略有不同,下一步测试比对index是否可用,同时测试run out of memory是否对索引文件构建的成功与否有影响,感谢崔老师。
1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进行快速比对,相较于STAR、Tophat,该软件比对速度快,占用内存少。 2. StringTie(ccb.jhu.edu/software/st)能够应用流神经网络算法和可选的de novo组装进行转录本组装并预计表达水平。与Cufflinks等程序相比,Stri...
经研究和设置的线程数有关，8个线程即生成8个rf文件，20个线程即生成20个rf文件。至此，小麦RNA-seq索引文件构建完毕，本人连续3次构建了小麦的index文件，文件大小略有不同，下一步测试比对index是否可用，同时测试run out of memory是否对索引文件构建的成功与否有影响，感谢崔老师。
1 HISAT2官网下载 人类和小鼠的索引有现成的,HISAT2官网可以直接下载进行序列比对。如下图所示:选择hg19和mm10的index,文章中RNA-Seq测序数据,可以包括人类和小鼠的数据,因此需要小鼠和人类的索引。
上述4 个参数是基本参数,如果输入文件是 FASTQ 文件,并按第一步建了索引文件,即可直接进行比对。 三、结果文件解读 hisat2 -p 8 -x $RNA_REF_INDEX -1 BB.read1.fastq.gz -2 BB.read2.fastq.gz -S ./HBR_Rep3.sam 生成的 sam 文件格式如下: ...
构建hisat2索引是比对RNA-Seq数据到参考基因组的关键步骤。hisat2要求参考基因组序列以FASTA格式提供,并且该过程包括多个步骤,如预处理、构建索引等。 2. 准备需要构建索引的参考基因组序列 在开始构建索引之前,你需要确保已经获取了参考基因组的FASTA文件。这个文件包含了基因组的序列信息。 bash # 示例:下载人类参考...