hisat2 -p 60 -x<索引文件名genome>-1<干净的read1.fastq>-2<干净的read2.fastq>--dta-cufflink | samtools sort -O bam -o<输出文件名.bam>2>&1 aligned.log 由于hisat2默认输出为未压缩的sam格式文件,为了节省储存空间以后加速后续的处理,通常会使用samtool进行格式的转化。 hisat2输出.png 3.转录...
conda install hisat2 构建索引 hisat2-build IRGSP-1.0_genome.fasta IRGSP-1.0_genome > hisat2-build.log 2> hisat2-build.err 2、继续使用hisat2进行比对 新建hisat2文件夹 mkdir hisat2 循环批量操作 for sample in `ls SRR*.clean.fastq | perl -lpe 's/SRR*.clean.fastq//'`; do hisat2...
然而,要对测序数据进行一些基本的质量检查,将读数与整个基因组进行比对非常重要。STAR或HiSAT2都能够执行此步骤并生成可用于 QC 的BAM文件。 Qualimap工具在它们映射到的基因组区域的上下文中探索对齐读取的特征,从而提供数据质量的整体视图(作为HTML文件)。Qualimap评估的各种质量指标包括: DNA或rRNA污染 5’-3’ 偏差...
conda install -c bioconda fastqc trimmomatic hisat2 samtools gffread subread stringtie #如果需要退出rna-seq环境,可以输入以下代码: conda deactivate 如果想知道更多关于转录组分析所需的软件以及代码的含义,不妨使用我创建的智能体进行对话: https://chatglm.cn/agentShare?id=6759b33a4f3a0f3709c48042&is_sha...
-x <hisat2-idx> 参考基因组索引文件的前缀(目录及文件前缀)。 -1 <m1> 双端测序结果的第一个文件。若有多组数据,使用逗号将文件分隔。Reads的长度可以不一致。 -2 <m2> 双端测序结果的第二个文件。若有多组数据,使用逗号将文件分隔,并且文件顺序要和-1参数对应。Reads的长度可以不一致。
使用hisat2进行序列比对,输入文件为测序数据fastq(gz)文件,输出文件为sam文件,额外需要基因组索引文件,需要到hisat2官网[链接2]下载。 hisat2 -p 8 -x ref/grch38/genome -1 sample_1.fq.gz -2 sample_2.fq.gz -S sample.sam --summary-file sample.hisat2.summary # -p: 线程数 # -x: 基因组...
8、reads比对:用hisat2软件,要明白各种软件的意义; hisat2 -p 4 --dta -x /public/home/zyhu/Mouse/reference/GRCm39 -1 /public/home/zyhu/Mouse_RNA-seq/02.trim/${i}_R1_001_paired.fastq.gz -2 /public/home/zyhu/Mouse_RNA-seq/02.trim/${i}_R2_001...
scRNA数据分析流程 rna seq数据分析 mRNA-seq数据分析 1. 使用fastQC及multiQC对原始测序结果进行质控 2. bowtie2去除测序数据中rRNA --约去除0.2%的rRNA数据 3. hisat2进行参考基因组比对 --全比对率高于94%证明测序数据质量较好 4. samtools转换文件格式...
hisat2-build -p 16 IRGSP-1.0_genome.fasta rice# 建立存放水稻注释文件的目录mkdirrice_gff 将测序数据比对到参考基因组上 foriin`seq10 25`dohisat2 -p 16 -x /home/hgdai/RNA-seq/ref/rice_hista2_index/rice -1 /home/hgdai/RNA-seq/fastq/SRR66558${i}_1.fastq.gz -2 /home/hgdai/RNA-...