Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 两种算法的索引框架。使用了两类索引去比对,一类是全基因组范围的FM索引来锚定每一个比对,另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展。比对原理可阅读文献原文:HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements...
一、RNA-seq为什么使用hisat2hisat2使用bowtie2类似的算法,但是运行速度有很大提高;hisat2建立index支持基因组与转录同时建立index。 RNA-seq也推荐BWA、STAR进行比对,BWA支持拼接比对(spliced alignment)。二…
(base)kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ hisat2-hHISAT2version2.1.0by DaehwanKim(infphilo@gmail.com,www.ccb.jhu.edu/people/infphilo)Usage:hisat2[options]*-x<ht2-idx>{-1<m1>-2<m2>|-U<r>|--sra-acc<SRAaccession number>}[-S<sam>]<ht2-idx>Index filenameprefix(minu...
在本次RNA-seq数据的比对中,我们使用的方法是Hisat2 (Hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts),HISAT2 是一种快速灵敏的比对程序,用于将二代测序读数(DNA 和 RNA)映射到人类基因组群以及单个参考基因组。对该方法的详细介绍可参考文献: HISAT: a fast spliced aligner with low memory require...
Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) index 两种算法的索引框架。使用了两类索引去比对,一类是全基因组范围的FM索引来锚定每一个比对,另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展。比对原理可阅读文献原文:HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements...
构建hisat2索引是比对RNA-Seq数据到参考基因组的关键步骤。hisat2要求参考基因组序列以FASTA格式提供,并且该过程包括多个步骤,如预处理、构建索引等。 2. 准备需要构建索引的参考基因组序列 在开始构建索引之前,你需要确保已经获取了参考基因组的FASTA文件。这个文件包含了基因组的序列信息。 bash # 示例:下载人类参考...
salmon index 用cdna.fa建立索引,salmon quant对clean fastq文件直接进行基因定量 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-0005...
1. RNA-seq : Hisat2+Stringtie+DESeq2 – 恒诺新知2. RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析 - 简书基本用法:1. 构建参考基因组索引# 提取剪接位点和外显子信息extract_splice_sites.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus.ssextract_exons.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus....
hisat2是一款用于将RNA-seq序列比对到基因组的工具。以下是使用hisat2进行比对的步骤:a. 安装hisat2:使用包管理器(如apt或brew)安装hisat2。b. 创建索引:使用参考基因组创建hisat2索引。c. 运行hisat2:将修剪后的序列作为输入,hisat2将会输出比对结果文件(SAM格式)。 使用samtools进行SAM文件处理samtools是...
Salmon: salmon index 用cdna.fa建立索引,salmon quant对clean fastq文件直接进行基因定量 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467...