承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + featureCounts 1. 获取hisat2比对索引文件 index官网...
(base)kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ hisat2-hHISAT2version2.1.0by DaehwanKim(infphilo@gmail.com,www.ccb.jhu.edu/people/infphilo)Usage:hisat2[options]*-x<ht2-idx>{-1<m1>-2<m2>|-U<r>|--sra-acc<SRAaccession number>}[-S<sam>]<ht2-idx>Index filenameprefix(minu...
RNA-seq入门实战(一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 RNA-seq入门实战(二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon RNA-seq入门实战(三):从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵 RNA-seq入门实战(四):差异分析前的准备——数据检查 RNA-seq入门实战(五):差异分析——DESeq2 edgeR limma...
1. RNA-seq : Hisat2+Stringtie+DESeq2 – 恒诺新知2. RNA-seq用hisat2、stringtie、DESeq2分析 - 简书基本用法:1. 构建参考基因组索引# 提取剪接位点和外显子信息extract_splice_sites.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus.ssextract_exons.py Mus_musculus.GRCm39.104.gtf > Mus_musculus....
hisat2是一款用于将RNA-seq序列比对到基因组的工具。以下是使用hisat2进行比对的步骤:a. 安装hisat2:使用包管理器(如apt或brew)安装hisat2。b. 创建索引:使用参考基因组创建hisat2索引。c. 运行hisat2:将修剪后的序列作为输入,hisat2将会输出比对结果文件(SAM格式)。 使用samtools进行SAM文件处理samtools是...
1. HISAT (ccb.jhu.edu/software/hi)利用大量FM索引,以覆盖整个基因组,能够将RNA-Seq的读取与基因组进行快速比对,相较于STAR、Tophat,该软件比对速度快,占用内存少。 2. StringTie(ccb.jhu.edu/software/st)能够应用流神经网络算法和可选的de novo组装进行转录本组装并预计表达水平。与Cufflinks等程序相比,Stri...
STAR:以其卓越性能脱颖而出,成为当前最受欢迎的RNA-seq比对工具选择。它高效且准确,专为单细胞RNA-seq优化,但需要较高的计算资源和复杂的参数设置。此外,STAR也适用于三代测序RNA-seq数据。 HISAT2:专为RNA-seq数据设计的比对软件,能够迅速且精准地识别剪接事件。它采用基于FM-index的算法进行高效比对,在处理大...
RNA-seq数据分析一:(HISAT2+featureCounts)2023-06-06 427 发布于吉林 版权 简介: RNA-seq数据分析一:(HISAT2+featureCounts) 将gff 文件转成 gtf (featurecounts需要使用gtf文件)gffread coreset.gff -T -o amur_ide.gtf # -o write the output records into <outfile> instead of stdout #-T main ...
hisat2是一款短序列比对的工具,主要用于RNA-seq数据的比对,hisat2使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用。下面简单介绍如何使用hisat2进行转录组的数据比对。 1)下载和安装 2)建立索引 和其他的比对软件一样,hisat2也需要建立自己的索引,我们可以下载官方已经建立好的索引(如H. sapiens索引): ...
【转录组】【软件使用】RNA-Seq基因组比对工具HISAT2 原文网址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者,使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用,作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。