(base)kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ hisat2-hHISAT2version2.1.0by DaehwanKim(infphilo@gmail.com,www.ccb.jhu.edu/people/infphilo)Usage:hisat2[options]*-x<ht2-idx>{-1<m1>-2<m2>|-U<r>|--sra-acc<SRAaccession number>}[-S<sam>]<ht2-idx>Index filenameprefix(minu...
hisat2 + featureCounts: 获取hisat2索引文件,hisat2比对和samtools格式转化,featureCounts计数得到counts表达矩阵 Salmon: salmon index 用cdna.fa建立索引,salmon quant对clean fastq文件直接进行基因定量 获取ensembl_id或transcript_id转化的对应文件 承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法...
与DNA序列比对不同,RNA-seq数据的比对需要考虑到真核生物mRNA可变剪接的特征,如果要回帖到参考基因组上,由于转录本中不包含intron,需要非连续地比对,这就需要用到Tophat/HISAT/STAR等用于RNA序列比对的软件。 在本次RNA-seq数据的比对中,我们使用的方法是Hisat2 (Hierarchical indexing for spliced alignment of ...
承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4) 表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 [Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by...
序列比对 又称为align RNA-Seq 分析中的策略从文件类型来看如下: FASTQ文件 SAM文件 BAM文件 FASTQ文件到SAM文件这一步就需要比对软件 [STAR、Tophat2、HISAT2] 来实现,目的是 把RNA-seqreads比对到合适的参考序列上. 如果用基因组作为参考序列可以检测到新的转录本,但可能需要耗费更多的计算资源;如果用转录组作...
承接上节RNA-seq入门实战(一)本节介绍使用hisat2或salmon这两种方法进行转录组上游数据的比对和计数。39个转录组分析工具,120种组合评估(https://www.nature.com/articles/s41467-017-00050-4)表明基于hisat2或salmon进行转录本定量都比较优秀。 一、hisat2 + featureCounts ...
在开始RNA-seq数据分析之前，我们需要对原始数据进行一系列的准备和质量控制步骤。这包括使用FastQC进行质量初步评估，以及使用Trimmomatic对reads进行过滤和修剪，以去除低质量和适应器序列。接下来，我们将利用hisat2进行序列比对，将修剪后的reads映射到参考基因组上。之后，通过samtools进行排序和格式转换，确保数据的一致...
hisat2是一款短序列比对的工具,主要用于RNA-seq数据的比对,hisat2使用改进的BWT算法,实现了更快的速度和更少的资源占用。下面简单介绍如何使用hisat2进行转录组的数据比对。 1)下载和安装 2)建立索引 和其他的比对软件一样,hisat2也需要建立自己的索引,我们可以下载官方已经建立好的索引(如H. sapiens索引): ...
hisat2-build –p 4 genome.fa genome 建立基因组+转录组+SNP索引: bowtie2的索引只有基因组序列信息,tophat2比对时,转录组信息通过-G参数指定。HISAT2建立索引时,就应该把转录组信息加进去。 HISAT2提供两个Python脚本将GTF文件转换成hisat2-build能使用的文件: ...