(base)kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ hisat2-hHISAT2version2.1.0by DaehwanKim(infphilo@gmail.com,www.ccb.jhu.edu/people/infphilo)Usage:hisat2[options]*-x<ht2-idx>{-1<m1>-2<m2>|-U<r>|--sra-acc<SRAaccession number>}[-S<sam>]<ht2-idx>Index filenameprefix(minu...
shell命令#命令行 Jade:snakemake 用于chip-seq 批量分析23 赞同 · 3 评论文章 三、snakemake批量处理实例 base_path="/user/project_cko/rna_cko"##工作的路径别名,主要作用引用别名,省代码,同时更加简洁tissue_type={"cKO-NT","cKO-T","WT-NT","WT-T"}##所有样本名的集合,用于后面的批量调用rep_num=...
rna-seqsnakemakercondaexpressionrnaseqhisat2samtoolsconda-environmentdifferentialstringtietuxedo2ballgownrskittlebrewersmsk UpdatedApr 5, 2022 Python YogiOnBioinformatics/ChIP-Seq-Analysis-Nanog-and-H3K27Ac Sponsor Star0 Code Issues Pull requests
AI代码解释 hisat2=/trainee/jmzeng/tools//hisat2-2.0.0-beta/hisat2fasta=/trainee/jmzeng/Probe_seqfasta/lncRNA/human/GPL15314_seq2fa.fasta sample=GPL15314index=/teach/database/index/hisat/hg38/genome $hisat2-f $fasta-x $index-S${sample}.sam 就是芯片探针的序列,比对到参考基因组。 首先...
通过综合分析RNA-seq分析流程中不同步骤的工具性能发现不同的分析工具和方法对分析结果的准确度和分析时间影响巨大。HISAT2...前言 NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万 ...
broad-spectrumRNA-seqanalysis对15个样品 (正常样品、癌细胞和干细胞,短读长和长读长)的转录组数据利用39个分析工具,120种常见组合方式进行的490次深入分析, 并以测序质量控制联盟...前言 NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)...
3、htseq-count计数 #-f 输入的比对结果文件格式#-s 建库是否是链特异性#-r 双端测序结果排序根据name或者pos排序#-i 作为特征id的值,gtf文件默认gene_id#-m reads比对三种类型,分别为union,intersection-strict,intersection-nonempty#-t feature typecd/data2/xxx/data3/4htseq ...
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 2019-12-10 09:57 −补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local...