hisat2报错 Hisat2报错,需提供具体错误信息才能定位问题。常见问题可能涉及索引错误、输入文件格式或路径问题。建议检查数据准备和参数设置,确保遵循官方指南。 hisat2是一个流行的序列比对工具,用于将测序读段(如RNASeq、ChIPSeq等)映射到参考基因组上,尽管它是一个强大且高效的工具,但在使用过程中,用户可能会遇到...
由于测序仪机器读长的限制,在构建文库的过程中首先需要将DNA片段化,测序得到的序列只是基因组上的部分序列。为了确定测序reads在基因组上的位置,需要将reads比对回参考基因组上,这个步骤叫做mapping。 在进行mapping时,需要考虑以下几个因素 1. 硬件资源的消耗 通常来说,基因组越大,占用的内存越大。对于大型基因组,...
(base)kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ hisat2-hHISAT2version2.1.0by DaehwanKim(infphilo@gmail.com,www.ccb.jhu.edu/people/infphilo)Usage:hisat2[options]*-x<ht2-idx>{-1<m1>-2<m2>|-U<r>|--sra-acc<SRAaccession number>}[-S<sam>]<ht2-idx>Index filenameprefix(minu...
linuxbashhigh-performance-computingchip-seqhistone-modificationshisat2sradevelopmental-biologyzebrafishdanio-reriocomputational-genomicsdeeptools UpdatedAug 10, 2020 RNA-Seq pipelines that use HISAT2, Kallisto, Salmon, DESeq and Sleuth. rna-seqhisat2kallisto ...
通过综合分析RNA-seq分析流程中不同步骤的工具性能发现不同的分析工具和方法对分析结果的准确度和分析时间影响巨大。HISAT2...前言 NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流程)、单细胞测序分析(重磅综述:三万 ...
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 2019-12-10 09:57 −补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local...
broad-spectrum RNA-seq analysis对15个样品 (正常样品、癌细胞和干细胞,短读长和长读长)的转录组数据利用39个分析工具,120种常见组合方式进行的490次深入分析, 并以测序质量控制联盟...前言 NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析(Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析(ChIP-seq基本分析流...
可以用来写组学(RNA-seq,chip-seq等)上游分析(去接头,比对,计数/call peaks等)流程化代码的工具。它减少代码复写,提高工作效率。 二、基本语法 rule project:#定义流程中某个项目的名字,表示一个流程中特定功能的区域input:##input是一个关键字,可以作局部变量用于调用;相对上一行,input前空4个空格输入文件#输入...
3、htseq-count计数 #-f 输入的比对结果文件格式#-s 建库是否是链特异性#-r 双端测序结果排序根据name或者pos排序#-i 作为特征id的值,gtf文件默认gene_id#-m reads比对三种类型,分别为union,intersection-strict,intersection-nonempty#-t feature typecd/data2/xxx/data3/4htseq ...