因此,要构建HISAT2索引,你至少需要基因组序列文件作为输入数据,而.gff文件需要进行额外的处理和转换才能用于构建索引。(下面命令必选) 我脚本里的内容: hisat2-build ./GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.fna GRCh38_index #index.sh 运行脚本:(将返回信息输入至index-log.txt) nohup bash index.sh > 2>...
一、下载hisat2 通过hisat2的官方网址进行下载。二、使用hisat2 构建索引 必备条件：基因组信息。可选条件：转录组与SNP信息。示例：使用gencode数据库中的参考基因组hg19.fa和注释文件gencode.v19.annotation.gff3进行索引构建。注意：若使用snp、ss或exon选项，hisat2build过程需约200GB内存。考虑到...
通过官方网址获取hisat2，先构建索引，基因组信息为必备条件，转录组与SNP信息为可选，使用gencode数据库中的参考基因组hg19.fa和注释gencode.v19.annotation.gff3。若使用--snp、--ss或--exon选项，hisat2-build过程需约200GB内存，考虑到一些计算机的限制，建议不添加这些选项。重要提示：调整hisat2...
在进行比对时,Hisat2应先建立索引,基因组信息是必须的,转录组信息和SNP信息可选。 本例中使用的是gencode数据库中的参考基因组hg19.fa.和注释gencode.v19.annotation.gff3。 如果使用--snp,--ss和/或--exon选项,hisat2-build将需要大约200GB的运行内存来满足人类基因组规模大小的基因组的索引构建,因为建立索...
$ hisat2-buildgenome.fagenome 2. 利用hisat2比对到基因组: hisat2 -p 8 --dta -x genome -1 file1_1.fastq.gz -2 file1_2.fastq.gz -S file1.sam hisat2 -p 8 --dta -x chrX_data/indexes/chrX_tran -1 file2_1.fastq.gz -2 file2_2.fastq.gz -S file2.sam ...
在GENOSCOPE下载油菜基因组序列文件(.fa.gz)和基因组注释文件(.gff3.gz): http://www.genoscope.cns.fr/brassicanapus/data/ hisat2-build /genome/GCF_000686985.1_Brassica_napus_assembly_v1.0_genomic.fna(基因组序列文件目录) brassica_tran(索引名称及输出目录) 3.序列比对(alignment): 原始代码: hisat2...
比对前的重要步骤是建立索引，这需要基因组信息，如gencode数据库的hg19.fa，以及注释文件gencode.v19.annotation.gff3。然而，如果选择使用--snp、--ss或--exon选项，由于索引构建涉及到图构造，可能会消耗大量内存，建议在资源有限的设备上避免这些选项，以防止内存不足的问题。在运行hisat2-build时，...
bashbioinformaticsgenomegff3hisat2featurecountsgenome-alignment UpdatedMay 22, 2018 Shell snakemake files of the tuxedo v2 pipeline from Pertea et al 2016 rna-seqsnakemakercondaexpressionrnaseqhisat2samtoolsconda-environmentdifferentialstringtietuxedo2ballgownrskittlebrewersmsk ...
将gff 文件转成 gtf (featurecounts需要使用gtf文件)gffread coreset.gff -T -o amur_ide.gtf # -o write the output records into <outfile> instead of stdout #-T main output will be GTF instead of GFF3构建参考基因组的索引文件hisat2-build -p 8 genome.fa amur_ide...
/GCF_000686985.1_Brassica_napus_assembly_v1.0_genomic.fna(基因组序列文件目录) brassica_tran(索引名称及输出目录) 3.序列比对(alignment): 原始代码:hisat2-p...://www.cnblogs.com/longjianggu/p/5078782.html2.制作索引(indexes): 在GENOSCOPE下载油菜基因组序列文件(.fa.gz)和基因组注释文件(.gff3.gz...