首先,使用HISAT2将RNA-seq数据比对到参考基因组, 这一步和之前相似,但是要增加一个参数--dta,使得StingTie能更好的利用双端信息 hisat2-build 01-augustus/genome.fa index/chi_masked hisat2 --dta -p 20 -x index/chi_masked -1 rna-seq/leaf_ox_r1_1.fastq.gz -2 rna-seq/leaf_ox_r1_2.fast...