: 当然下游不使用stringtie也可以使用此参数减少短锚定read--dta-cufflinks :下游使用cufflinks则需要添加此参数-q :指定读取的测序文件是fastq文件(含有质量信息)-f :指定读取的测序文件是fa文件-t :打印加载索引文件和对齐读数所需的时钟时间--phred33 :质量表示方法,如果使用fq文件,建议选择,同理有小众的--phred...
1.构建索引 HISAT2_HOME/hisat2-build $HISAT2_HOME/example/reference/22_20-21M.fa \ --snp $HISAT2_HOME/example/reference/22_20-21M.snp 22_20-21M_snp 2.序列比对 a 单端序列 HISAT2_HOME/hisat2 -f \ -x $HISAT2_HOME/example/index/22_20-21M_snp \ -U HISAT2_HOME...
HISAT2是一款用于RNA-Seq数据比对的软件工具,被广泛应用于生物信息学领域。下面将介绍HISAT2的使用以及与samtools的结合来处理比对结果。 HISAT2的安装: 进入解压后的目录,可以找到可执行文件hisat2和hisat2-build。将这些文件的路径添加到系统的环境变量中,这样就可以在任何位置使用HISAT2了。 建立参考基因组索引...
samtools view -b -f 2 your_file.bam > paired_reads.bam ● -f 2：只保留 FLAG 包含 0x2（p...
-f 1 > 0 paste 0 1 > config cat > index.sh config=$1 number1=$2 number2=$3 cat$1|whilereadid do if((i%$number1==$number2)) then arr=(${id}) input=${arr[1]} sample=${arr[0]} samtools index -@ 4${input}./${sample}.bam.bai...
-f query input files are (multi-)FASTA .fa/.mfa -r query input files are raw one-sequence-per-line -c <m1>, <m2>, <r> are sequences themselves, not files -s/--skip <int> skip the first <int> reads/pairs in the input (none) ...
我的index在mnt/f/rna_seq/data/reference/index/hg19 比对后得到的bam文件会存放在/mnt/f/rna_seq/aligned 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 #启动miniconda3环境(hisat2所在的环境) $ source~/miniconda3/bin/activate #进入data目录 ...
1.-f 参考基因组输入文件(指定为<reference_in>_)是FASTA文件(通常具有.fa、.mfa、.fna或类似的扩展名)。2.-c 在命令行上给出参考序列。也就是说<reference_in>是一个逗号分隔的序列列表，而不是一个FASTA文件列表。3.--large-index 强制hisat2-build建立一个大的索引，即使参考的长度小于~ ...
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static int32_t localFtabChars; static int bigEndian; static bool autoMem; static int nthreads; // number of pthreads operating concurrently static string wrapper; static TIndexOffU seed_length; static TIndexOffU seed_count; static TIndexOffU repeat_count; ...