一、官网下载软件及安装: https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ 在Download页面,可以看到Hisat2非常友好地提供了二进制的程序及Index(比对时的索引文件),省去了后续的一些小麻烦。 下载完后unzip进行解压,一开始报错: 原来依赖的libstdc++.so.6需要高版本的库,我没有root权限,更新的话会很麻烦,果断降版本...
使用以下命令来安装HISAT2: bash conda install hisat2 这条命令会从Bioconda仓库中查找并安装HISAT2。 执行命令,等待安装完成 执行上述命令后,Conda会开始下载并安装HISAT2及其依赖项。这个过程可能需要一些时间,具体取决于你的网络速度和系统性能。 验证hisat2是否成功安装 安装完成后,你可以通过运行HISAT2的...
02、使用conda 安装 hisat2软件 conda install -c bioconda hisat2## 等待安装完成 03、测试软件 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:~#hisat2 --help |headHISAT2 version2.2.1by Daehwan Kim (infphilo@gmail.com, www.ccb.jhu.edu/people/infphilo) Usage: hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1<m...
原来依赖的libstdc++.so.6需要高版本的库,我没有root权限,更新的话会很麻烦,果断降版本,下载的hisat2-2.1.0后,解压,尝试了一下,安装成功: 二、构建索引Index Hisat2和STAR在比对时都需要索引文件,对于人及小鼠及常用模式生物,Hisat2官网提供了相应的索引文件,下载后就能用,对于非模式生物,需要自己建立索引文件。
一、安装 conda create -n rnaseq -c bioconda hisat2 二、使用 HISAT2 index building for reference hisat2-build -p 16 genome.fa genome Usage: hisat2-build [options]* <ref_in> <ht2_index_basename> PE reads alignment(分不同组织分别运行) ...
Hisat2的安装及使用步骤如下：一、安装 官网下载：访问Hisat2的官方网站，在Download页面获取预编译的二进制程序与Index文件。解压安装：下载的文件通常为压缩包格式，直接解压即可使用，无需额外的安装步骤。解决依赖问题：如遇到依赖库libstdc++.so.6版本过低的问题，可选择下载较低版本的Hisat2以确保...
Hisat2安装及使用 Hisat2的linux安装极为简单,基本就不用安装,囧!!!直接unziphisat2.zip解压的目录里就有可运行的文件。 接下来是运行hisat2: 第一步是使用hisat2-bulid建立索引文件。这个程序类似于botwie。首先要下载基因组genome.fa然后输入命令将基因组文件生成索引文件。命令行如下: hisat2-build –f ...
转录组比对工具Hisat2安装及使用 在进行转录组分析时，选择合适的比对工具至关重要。Hisat2与STAR并列成为主要比对工具，它们在实际应用中对结果影响及耗时差异不大。本文将详细阐述Hisat2的安装与使用步骤。一、官网下载与安装 访问Hisat2官网(网址略)，在Download页面可直接获取预编译的二进制程序与Index...
Hisat2安装及使用Hisat2的linux安装极为简单,基本就不用安装,囧!直接unzip hisat2.zip 解压的目录里就有可运行的文件。接下来是运行hisat2:第一步是使用hisat2-bulid建立索引文件。这个程序类似于botwie。首先要下载基因组genome.fa 然后输入命令将基因组文件生成索引文件。命令行如下:新建目录必需添加 .X.ht2...
Hisat2安装及使用 Hisat2的linux安装极为简单,基本就不用安装,囧直接unzip hisat2.zip 解压的目录里就有可运行的文件。 接下来是运行hisat2 第一步是使用hisat2-bulid建立索引文件。这个程序类似于botwie。首先要下载基因组genome.fa 然后输入命令将基因组文件生成索引文