hisat2建立索引的基本步骤包括准备参考基因组文件、使用hisat2_extract_exons.py和hisat2_extract_splice_sites.py脚本提取外显子和剪接位点信息,然后使用hisat2-build命令构建索引。 详细步骤 准备参考基因组文件 下载或获取参考基因组的FASTA文件(如hg19.fa)。 确保FASTA文件格式正确,
hisat2-build建立索引所需的SNP文件 代码语言:javascript 代码运行次数: hisat2-fasta hisat2_index 这里对SNP文件的要求是 :(https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#the-hisat2-build-indexer): 这里的格式是:rs58784443 single 13 18447947 T 每一列分别为:SNP ID <tab> snp type (single,...
Oracle 建立索引及SQL优化 数据库索引: 索引有单列索引,复合索引之说,如果某表的某个字段有主键约束和唯一性约束,则Oracle 则会自动在相应的约束列上建议唯一索引.数据库索引主要进行提高访问速度. 建设原则: 1.索引应该经常建在where 子句经常用到的列上.如果某个大表经常使用某个字段进行查询,并且检索行数小于...
github 上有人在 HISAT2 项目中报告过这个错误，虽然没有最终讨论出解决办法，但是都觉得跟建索引不完整有关，或许与建索引时候的警告有关。我查了一些资料，综合 biostar 和 SEQanswer 中的讨论，建立索引时遇到的警告是由于参考序列中存在大段的 n 碱基导致的，例如其中一条 fasta 中 n （我遇到...
在使用hisat2建立转录本的索引文件的时候报错 错误信息为：可是按照hisat2的说明是这样的 但是更据报错信息中的命令却是这样，感觉乱套了 解决办法
老师您好，我在hisat2建立索引时报错，向您求助尝试过两个数据库的fasta文件，都不行，这是怎么回事呢...
hisat2建立基因组索引 只看楼主收藏回复 Tu1tu 白丁 1 报错segmentation fault,请问是什么原因? 送TA礼物 来自iPhone客户端1楼2021-09-23 19:50回复 free沙大木 贡士 7 建议看看是不是内存不足 来自Android客户端2楼2021-09-23 21:48 回复 ...
HISAT2 建参考索引很慢,等 HISAT2 建完索引(建索引花了 16 个小时),然后用 HISAT2 比对 RNA-seq 数据测试。 hisat2 -S /dev/null -p 4 -x rRNA.fa.tran -1 A_1.fq.gz -2 A_2.fq.gz --un-conc-gz A_filter_rRNA_%.fq.gz
hisat2建立索引的时候支持将SNP的信息考虑进基因组中,在比对的过程中,不会将Alt SNP当做mismatch看待。 hisat2-build -p 8 --snp hisat2_snps.txt hg19.fasta hisat2_index/ 这里对SNP文件的要求是 :(https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#the-hisat2-build-indexer): ...
在使用hisat2建立转录本的索引文件的时候报错 extract_exons.py hg19.gff > hg19.exons extract_splice_sites.py hg19.gff > hg19.ss hisat2-build --exon hg19.exons -ss hg19.ss -p 6 hg19.fa hg19 错误信息为: Settings:Outputfiles:"hg19.fa.*.ht2"Linerate:7(line is 128 bytes)Lines perside...