转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor 接下来我们进行序列比对,利用的软件是Hisat2。 一.index文件下载 index文件直接去官网下载 (http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/),我测序的组织来自小鼠,所以我这里下载的是小鼠的。 下载完后上传到Linux服务器,解压后就可以直接用了。 我...
--ss <path>: 注意这个选项应该和下面的--exon选项一起使用,提供一个剪接点的列表。 --exon <path>: 注意这个选项应该和上面的--ss选项一起使用。提供一个外显子列表,可以使用hisat2_extract_exons.py(HISAT2软件包),从GTF文件中提取外显子。 --seed <int>: 使用<int>作为伪随机数发生器的种子。 --...
Hisat2和STAR在比对时都需要索引文件,对于人及小鼠及常用模式生物,Hisat2官网提供了相应的索引文件,下载后就能用,对于非模式生物,需要自己建立索引文件。 区别于bowtie2的索引只有基因组序列信息,Hisat2建立索引时,应该把转录组信息加进去,此外,Hisat2还支持将SNP信息加入到索引中,这样比对的时候就可以考虑SNP的情...
HISAT2的输出结果是SAM格式文件,可以使用samtools对结果进行进一步处理和分析。 首先,我们可以使用samtools将SAM格式文件转换为BAM格式,以便更加高效地存储和处理。 ``` samtools view -bS <sam> > <bam> ``` 其中,<sam>是HISAT2的输出SAM格式结果文件,<bam>是转换后的BAM格式文件。 然后,我们可以使用samtool...
Hisat2的安装及使用步骤如下：一、安装 官网下载：访问Hisat2的官方网站，在Download页面获取预编译的二进制程序与Index文件。解压安装：下载的文件通常为压缩包格式，直接解压即可使用，无需额外的安装步骤。解决依赖问题：如遇到依赖库libstdc++.so.6版本过低的问题，可选择下载较低版本的Hisat2以确保...
hisat2 使用方法： 查阅官方文档：首先，强烈建议查阅 hisat2 的官方文档，以获取最准确和最新的使用指南。 使用 p 参数优化并行处理：如果你的电脑配备了超过16个CPU线程，可以尝试使用 p 16 参数来优化并行处理。但需注意，线程数有限时过度使用此参数可能导致程序运行缓慢。 指定索引文件位置：使用 x...
unzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zipcd hisat2-2.2.1/错误:hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by hisat2-build)hisat2-build: /lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by hisat2-build)hisat2-build: /lib...
HISAT2用于转录组数据比对参考基因组。 参考自: hisat2 github https://github.com/andreaminio/AnnotationPipeline-EVM_based-DClab 一、安装 conda create -n rnaseq -c bioconda hisat2 二、使用 HISAT2 index building for reference hisat2-build -p 16 genome.fa genome ...
第一步是使用hisat2-bulid建立索引文件。这个程序类似于botwie。首先要下载基因组genome.fa然后输入命令将基因组文件生成索引文件。命令行如下: hisat2-build –f /注释文件路径/genome.fa/索引文件输出路径/文件名.X.ht2 运行成功后,会产生如下文件name.1.ht2,name.2.ht2,name.3.ht2,name.4.ht2,name....
一、下载hisat2 通过hisat2的官方网址进行下载。二、使用hisat2 构建索引 必备条件：基因组信息。可选条件：转录组与SNP信息。示例：使用gencode数据库中的参考基因组hg19.fa和注释文件gencode.v19.annotation.gff3进行索引构建。注意：若使用snp、ss或exon选项，hisat2build过程需约200GB内存。考虑到...