Human Pangenome Project对第一批样本的组装选用此软件。 Hifiasm可以默认清除haplotig重复,而不依赖于像purge_dups这样的第三方工具。Hifiasm也不需要像pilon或racon这样的polishing工具。这简化了组装流程并节省了运行时间。 Hifiasm速度快。它可以在半天内组装完人类基因组,并在三天内组装约30Gb的红杉基因组。对于Hifiasm...
hifiasm 会随机选择每个气泡的一边构建primary assembly(与 Falcon-Unzip 和 HiCanu 类似的主装配)。 对于杂合基因组,由于存在一个以上的纯合haplotype,因此primary assembly可能还会包含haplotigs。 HiCanu 依靠第三方工具(如 purge_dups20)来去除多余的haplotigs。Hifiasm 集成实现了 purge_dups 算法的一个变体,简化了...
你可以看看日志文件,即*.log文件。在log文件中有一行[M::purge_dups] homozygous read coverage threshold: X.的描述,这个X的值即可设置为--hom-cov X -s -s FLOAT similarity threshold for duplicate haplotigs in read-level [0.75 for -l1/-l2, 0.55 for -l3] 这个参数的使用,和--hom-cov类似,在...
k-mer图: 纯合样本只有一个peak,杂合样本则会有2个peak。 纯合峰的覆盖度:[M::purge_dups] homozygous read coverage threshold: X, 一般会由hifiasm自动推断。 杂合/纯合碱基数目(Hi-C模式): 在Hi-C模式下,如果纯合的碱基数超过杂合碱基数,那么hifiasm就不容易找对纯合read的所在峰。 对于日志信息,我们最主...
Hifiasm: a haplotype-resolved assembler for accurate Hifi reads - hifiasm-meta/Purge_Dups.h at meta · lh3/hifiasm-meta
log文件会在打印完k-mer plot后,打印一行:[M::purge_dups] homozygous read coverage threshold: 90. 这个90是hifiasm确定的纯合子覆盖度值(用Ho_coverage代表)。要检查Ho_coverage值是否接近k-mer plot中确定的纯和峰值Ho_peak值,如果不接近(比如更接近He_peak值)那表明hifiasm错误地确定了纯合子覆盖度值,此...
内置了清除haplotigs之间的重复(duplications)的程序,无需第三方工具(如purge_dups)。 组装完成后无需polish工具(如pilon,racon)进行polish。 3. references Hifiasm manual:https://hifiasm.readthedocs.io/_/downloads/en/latest/pdf/ Hifiasm介绍:https://www.bilibili.com/read/cv18775152/ hifiasm组装(多个cell...
Hifiasm can purge duplications between haplotigs without relying on third-party tools such as purge_dups. Hifiasm does not need polishing tools like pilon or racon, either. This simplifies the assembly pipeline and saves running time. Hifiasm is fast. It can assemble a human genome in half a...
优于HiCanu需要依赖第三方工具去除dups序列,Hifiasm内部实现了去除dups的算法优化,简化了流程。如果有来自父母本的测序数据,Hifiasam可以利用亲本特有的Kmer在图上识别出了父母本的序列,从而得到来自父母本的单倍体基因组序列。 在基于父母本特有Kmer时,区别于TrioCanu软件的trio-binning策略,先将三代reads区分为来自父本...
master hifiasm_dev_debug doc-update dev-lh3 hifiasm-v0.14 for_adapter hifiasm_high_het contain flt-p chain-tune 0.18.5 0.18.4 0.18.2 0.18.1 0.18.0 0.17.7 r460 r458 r455 0.17.3 0.16.1 0.16.0 0.15.5 0.15.4 0.15.3 0.15.2 0.15.1 0.15 0.14.2 0.14.1 hifiasm2 / horder.cpp ...