hifiasm 如果你基因组是简单的二倍体,不复杂,不是高重复或者高杂合,测序数据还是PicBio HiFi数据,选择hifiasm进行组装是个不错的选择,对于处理PicBio HiFi数据,hifiasm有快、准、质量高的特点,还能分单倍型! 整体的流程 hifiasm.png 1.从安装开始说起 # Install hifiasm (requiring g++ and zlib) git clone https...
hifiasm大概是目前为止支持PacBio HiFi数据组装的所有软件中表现最优异的软件了。它不但能输出primary assembly result,还能分别组装出单倍体(haplotype)基因组的组装结果。 今天的分享就从hifiasm的组装开始,其他的组装软件之后也会介绍到。 可用资源 文章地址:https://www.nature.com/articles/s41592-020-01056-5 Git...
在线研讨会预告 | Hifiasm 组装算法的最新进展 对基因组相关研究而言,单倍型基因组组装是研究结构,进化与变异的最理想方式。随着长读长测序技术的进步,高质量单倍型组装已经成为了可能。然而,大部分组装算法的结果仍是混合多个单倍型的压缩序列,而不是完整的单倍...
hifiasm_meta - de novo metagenome assembler, based on hifiasm, a haplotype-resolved de novo assembler for PacBio Hifi reads. - hifiasm-meta/Process_Read.cpp at fae9a7d118fe609bab6c2b7211acd27ca46d7b02 · xfengnefx/hifiasm-meta
北京时间2021年2月2日凌晨0时,美国哈佛大学医学院Dana-Farber癌症研究所李恒课题组在Nature Methods杂志发表论文“Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm”。 该研究提出一种全新的单倍型基因组组装算法...