HiC Pro 使用 首先确定 HiC Pro 的所在目录,例如 Python 环境时,下载文件和解压文件所做的目录(例如在用户家目录中安装,则为:~/HiC-Pro-3.1.0),如果是 Docker 环境:/HiC-Pro_3.1.0(注意 3.1.0 为软件版本,后续可能改变,可通过ls查看根目录下判断得出具体目录) /HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro -c /data...
主程序HiC-Pro可以单线程来跑(不使用--parallel选项),或者采用多线程来跑(使用--parallel选项) /PATH/TO/HiC-Pro_2.11.1/bin/HiC-Pro --input /PATH/TO/02.reads/ --output hicpro_output --conf /PATH/TO/config-hicpro.txt --parallel Ref2: https://blog.csdn.net/qq_50637636/article/details/12...
GENOME_FRAGMENT = /PATH/Genome/hindiii_mm10.bed 具体生成方法:可以通过HiC-Pro文件中的'digest_genome.py'文件生成,此处用的是小鼠的mm10参考基因组,建库的酶为hindiii,那么命令行如下: $ /PATH/HiC-Pro/bin/utils/digest_genome.py -r hindiii -o PATH/mm10_hindiii mm10.fa 6、LIGATION_SITE = A...
(HiC-Pro一步运行完用于HiCPlotter可视化画图的结果): HiC-Pro产生的结果中有两个是下一步HiCPlotter所需的输入文件分别是 HiC互作区间文件和HiC互作矩阵文件。 HiC互作区间文件: /PATH_to_analysis/HiC_data_out/hic_results/matrix/Lib/raw/1000000/Lib_1000000_abs.bed 文件具体内容如下:(前三列分别是染色体及...
在进行Hicpro数据分析之前,确保对Hi-C技术和数据分析的基本原理有一定的了解。 选择合适的数据分析工具和参数,根据数据特点和研究目的进行调整。 数据质量控制是关键,确保数据的准确性和可靠性。 对于大规模数据,可能需要使用高性能计算资源或云计算平台来进行分析。 结果的解释需要结合生物学背景和其他相关数据进行综合...
请问前辈hicpro后的 call TAD 和call loop步骤能分享嘛？ 谢谢！！文章看了三篇不一样，也不详细 ...
我在用HiC-Pro的时候 遇到了好些问题 希望可以有人帮我看一下，一起学习
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适用产品: HUAWEI Mate X2(全网通 8gb+256gb、全网通 8gb+512gb),HUAWEI Mate 40 RS 保时捷设计(全网通 12gb+256gb、全网通 12gb+512gb、全网通 8gb+256gb),HUAWEI Mate 40 RS 保时捷设计 典藏版,HUAWEI Mate 40 Pro+,HUAWEI Mate 40 Pro(全网通 8gb+128gb、移动定制 8gb+256gb、全网通 8gb+256gb...