Hi-C数据的标准处理流程主要包括:序列比对、数据过滤、数据Binning(将数据分成小单元)和数据校正。将测序得到的Hi-C双端序列与参考序列比对,仅双端均唯一匹配到参考序列上的paired reads(valid pairs)才能用于后续分析,最后再将valid pair序列去除PCR冗余后才是用于Hi-C分析的最终有效数据,该数据占所有测序数据的比率...
6.遵循相关的伦理和法律规定,确保数据的合法使用和共享。 以上是Hicpro数据分析的一般流程,具体的分析步骤和方法可能会因研究目的和数据特点而有所不同。在实际应用中,需要根据具体情况进行灵活调整和优化。同时,不断学习和掌握新的分析技术和方法,以提高数据分析的准确性和可靠性。©...
cd HiC-Pro/mkdir/home/zengjianming/data/biosoft/hicpro/bin mkdir-p/data/training/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0mkdir-p/home/zengjianming/bin 再次了解 Hic-pro 软件 Hic-pro安装比较麻烦,我就不重复写了,大家仔细查看第3讲:流程及软件。 很明显,前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在:...
•根据测序数据的质量，过滤掉低质量的reads，以确保后续分析的可靠性。3. 去除适配体：•如果测序数据中存在适配体（adapters），需要使用适配体去除工具（例如，Trim Galore!）来进行去除。4. HiC-Pro 流程的质控：•运行HiC-Pro 中的各个步骤，并检查生成的质控报告。•确保HiC-Pro 过程中的各个阶段的输出...
HiC数据分析实战之通过文章来了解流程 通过第一讲:三维基因组学习笔记,我们了解了3D基因组研究范围,然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能,也就是第二讲:生信基础技能 最后提炼出了数据分析流程,并且安装好了对应的软件,也就是第3讲:流程及软件 本来准备直接实战了,但是在看一些新的paper 时候...
HiC数据标准化工具pipeline。流程主要分为6个步骤,比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、构建HiC关联图谱以及关联图谱标准化。此外HiC-Pro还可以进行HICUP、HiCdat等众多HiC数据处理软件所不能进行的等位基因特异性HiC分析。其中bwt2文件夹下有一些数据统计
HiC数据分析实战(一) 首先需要明白数据分析流程,可以查看第一讲:三维基因组学习笔记,提炼流程如下: Hi-C标准分析流程(比对及过滤,原始互作图谱构建) 下载参考基因组及构建bowtie2索引 把fq测序数据比对都参考基因组 过滤及挑选符合要求的比对结果 原始互作图谱构建...
make[1]: 进入目录“/data/jyu/program/soft/HiC-Pro-master”./scripts/install/install_dependencies.sh -c ./config-install.txt -p /usr/local/bin/ -o /usr/local/bin//HiC-Pro_3.0.0 -q Make sure internet connection works for your shell prompt under current user's privilege ...Starting ...
输出结果目录如下 代码语言:javascript 复制 |--bowtie_results|--config_test_latest.txt|--hic_results|--logs|--rawdata->/HiC-Pro-2.11.1/test_data/`--tmp 其中hic_results目录下是最终结果,包含了不同分辨率下的hi-c图谱和质控的图表。 ·end·...
商标名称HIFI-PRO 申请号25105859国际分类9类-科学仪器商标分类表 商标状态商标无效申请日期2017-06-30 申请人康佳集团股份有限公司查看此申请人的商标分析报告 代理机构深圳市精英商标事务所查看此代理机构下的所有商标 商标类型普通商标是否共有商标否 专用权期限暂无国际注册日期暂无 ...