5.对于大规模的Hi-C数据,可能需要使用高性能计算资源和相关的数据分析软件。 6.遵循相关的伦理和法律规定,确保数据的合法使用和共享。 以上是Hicpro数据分析的一般流程,具体的分析步骤和方法可能会因研究目的和数据特点而有所不同。在实际应用中,需要根据具体情况进行灵活调整和优化。同时,不断学习和掌握新的分析技术...
Hi-C数据的标准处理流程主要包括:序列比对、数据过滤、数据Binning(将数据分成小单元)和数据校正。将测序得到的Hi-C双端序列与参考序列比对,仅双端均唯一匹配到参考序列上的paired reads(valid pairs)才能用于后续分析,最后再将valid pair序列去除PCR冗余后才是用于Hi-C分析的最终有效数据,该数据占所有测序数据的比率...
cd HiC-Pro/mkdir/home/zengjianming/data/biosoft/hicpro/bin mkdir-p/data/training/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0mkdir-p/home/zengjianming/bin 再次了解 Hic-pro 软件 Hic-pro安装比较麻烦,我就不重复写了,大家仔细查看第3讲:流程及软件。 很明显,前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在:...
好奇怪,里面没有用的hiclib也没有用hicpro软件,而且也没有走完我们第三讲总结好的那些流程。 看看数据处理的中间文件 我尝试下载了HindIII_HiC_TAD_40kb.tar.gz文件和HindIII_HiC_ice_matrix_500kb文件并且简单查看,如下: mkdir -p ~/project/hic/data/myelom cd ~/project/hic/data/data/myelom wget ftp:...
HiC数据标准化工具pipeline。流程主要分为6个步骤,比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、构建HiC关联图谱以及关联图谱标准化。此外HiC-Pro还可以进行HICUP、HiCdat等众多HiC数据处理软件所不能进行的等位基因特异性HiC分析。其中bwt2文件夹下有一些数据统计
https://github.com/nservant/HiC-Pro 其中特别值得推荐,可以处理各种各样的hic数据,包括: Hi-C in situ Hi-C DNase Hi-C Micro-C capture-C capture Hi-C HiChip 安装hiclib代码如下: 代码语言:javascript 复制 source activate hic conda install numpy scipy matplotlib h5py cython numexpr statsmodels scik...
这里我们用官网提供的测试数据展示下基本用法,首先下载测试数据 代码语言:javascript 复制 wget--no-check-certificate https://zerkalo.curie.fr/partage/HiC-Pro/HiCPro_testdata.tar.gz tar xzcf HiCPro_testdata.tar.gz HiC-Pro的所有参数都记录在配置文件中,安装目录提供了配置文件的模板config_test_latest.tx...
•根据测序数据的质量，过滤掉低质量的reads，以确保后续分析的可靠性。3. 去除适配体：•如果测序数据中存在适配体（adapters），需要使用适配体去除工具（例如，Trim Galore!）来进行去除。4. HiC-Pro 流程的质控：•运行HiC-Pro 中的各个步骤，并检查生成的质控报告。•确保HiC-Pro 过程中的各个阶段的输出...
3,目前的处理流程 4,分析主要工具 目前针对Hi-c数据处理的工具主要是Hic-pro和juicer ###HIC图谱,TAD结构,loop结构,3D-建模 ###HiC-Pro installlation### wget -c http://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz tar -...
流程信息 公告信息 现成商标 基本信息 商标名称 HIFI-PRO 申请号 25105859 国际分类 9类-科学仪器 商标分类表 商标状态 商标无效 申请日期 2017-06-30 申请人 康佳集团股份有限公司 查看此申请人的商标分析报告 代理机构 深圳市精英商标事务所 查看此代理机构下的所有商标 商标类型 普通商标 是否共有商标 ...