结果文件都放在了生成的 aligned 文件夹中,主要文件是inter.hic和inter_30.hic文件,其中的inter_30.hic 是设置了 MAPQ threshold >30 后得到的结果。 重复样本合并 使用juicer_tools工具进行下游分析 目前针对Hi-C数据的研究主要是三个方面,分别是A/B comparment,TADS,Loops。 juicer_tools.jar功能介绍 arrowhead...
HiC测序的原理是利用生物素标记交联有互作的染色体片段,将它们固定在同一条片段上。📚 准备基因组索引 使用bwa工具为参考基因组建立索引,这是数据处理的第一步。🔄 测序数据比对 利用bwa将测序数据比对到基因组,这是数据处理的核心步骤。🌿 数据过滤 过滤比对数据,可以选择使用hicpro, hicexplorer, juicer等软件...
HiCUP对HiC数据进行预处理 HiCUP(Hi-C User Pipeline) 是由英国Babraham研究所开发的一款用于预处理HiC数据的软件,该软件利用HiC建库过程中使用的限制性内切酶识别原始HiC reads的酶切位点和参考基因组的酶切位点文件,然后通过比对、过滤和去重复步骤来获得有效的HiC数据用于下游分析。它主要通过5个perl脚本(除控...
HiC-Pro采用了两步比对的策略,如下所示 考虑到连接点在插入片段上的位置和测序读长的关系,第一步先将R1和R2端分别与基因组比对,对于没有比对上的reads, 可能是存在连接点的嵌合体reads, 也可能本身就是unmapping reads, 通过从3’端切除部分序列的方式,使得嵌合体序列也能够比对上基因组, 两步策略保证了数据的...
功能化Hi-C数据处理分析技术与验证则是对Hi-C生成的数据进行分析与解读的过程,以揭示染色体三维空间结构与基因调控之间的关系。 功能化Hi-C数据处理分析技术的核心任务是从原始Hi-C数据中提取出相关信息,进一步识别与分析染色体的三维结构和基因调控蛋白的相互作用关系。首先,对原始Hi-C数据进行预处理,包括质量控制,...
HiC-Pro是一个高效率的Hi-C数据预处理工具,能够应用于dilution Hi-C, in situ Hi-C, DNase Hi-C, Micro-C, capture-C, capture Hi-C 和 HiChip 这些数据。 HiC-Pro的工作流程如下, 简单的说就是先双端测序各自比对,然后进行合并,根据合并的结果筛选有效配对。之后有效配对用于构建contact maps. ...
现在才正式开始数据处理实战,其中实战的测试数据,参考基因组以及对应的软件安装都是在第3讲:流程及软件 。...Hic-pro 软件 Hic-pro安装比较麻烦,我就不重复写了,大家仔细查看第3讲:流程及软件 。...很明显,前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在: source activate hi
juicer采用ArrowHead算法对原始的交互矩阵进行转化,并预测TAD拓扑关联结构域,采用HiCUUPS算法识别染色质环chromatin loops。和其他Hi-C数据处理软件相比,juicer的功能更为齐全 juicer独创了一种名为hic的文件格式,用来存储Hi-C数据的相关信息,这种格式是一种高度压缩的二进制文件格式,在以下链接可以查看这...
各种HIC处理数据之间的相互转化 目前HI-C数据研究比较火爆,出现了各种各样的工具来分析HI-C。这些工具各有优缺点,而且对应的有不同的下游处理工具。但这些工具的结果数据格式大相径庭。如 juicer的.hic,hic-pro的六列文件,cool,hdf5,homer等。这些文件格式的不同给数据处理也带来了一定的困难。之前我已经介绍过 ...
我在用HiC-Pro的时候 遇到了好些问题 希望可以有人帮我看一下，一起学习