HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件,提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能,运行效率高,用法简便。该软件对应的文章链接如下 https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-015-0831-x 完整的pipeline如下图所示 红色方框标记的是数据预处理部分,功能和HICUP软件类似,包括序列...
我在用HiC-Pro的时候 遇到了好些问题 希望可以有人帮我看一下，一起学习
contains graphical outputs of the quality control checks.hic_results 此文件夹包含所有Hi-C处理的数据,并进一步划分为若干个...; bin_i / bin_j / counts_ij 仅不存储零值。床文件描述的基因组箱也生成。注意,abs和ord文件在Hi-C数据上下文中是相同的,因为联系人映射是对称的。 最后,pic文件夹包含质量 ...
红色方框标记的是数据预处理部分,功能和HICUP软件类似,包括序列比对和筛选valid pairs;预处理之后就是binning, 构建不同分辨率下的原始的交互矩阵contact map, 最后对原始的contact map进行归一化处理,得到校正后的contact map。 HiC-Pro的一个强大功能在于可以构建单倍型级别的Hi-C图谱,单倍型级别的Hi-C图谱有助于更加...
HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件,提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能,运行效率高,用法简便。该软件对应的文章链接如下 https://genomebiology./track/pdf/10.1186/s13059-015-0831-x 完整的pipeline如下图所示 红色方框标记的是数据预处理部分,功能和HICUP软件类似,包括序列比对和筛选valid...
我在用HiC-Pro的时候 遇到了好些问题 希望可以有人帮我看一下，一起学习
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HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件,提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能,运行效率高,用法简便。该软件对应的文章链接如下 https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-015-0831-x 完整的pipeline如下图所示