去年4月底，我们分享了一篇菲沙基因Hi-C项目的物种经验，主要展现超高的Hi-C数据质量，详见链接以超高数据质量，打造全国“Hi-C建库中心”！时间来到2023年11月，在这一年半期间，我们又构建了上千例Hi-C文库，物种范围继续扩大，涵盖了更多的动物、植物、微生物（细菌、真菌、群落），数据质量也更上一层楼，今天...
现在已有存在多个 Hi-C 数据处分析的工具pipelines,能够将原始 Hi-C的 测序数据 FASTQ 读数转换为基于文本的染色质相互作用矩阵(hic contact)。 然而,GEO 数据库中存储的各种公共 Hi-C 数据感兴趣的人通常可以绕过数据处理步骤,因为大多数存储的 Hi-C 数据还包括处理后的染色质相互作用矩阵。这些矩阵通常以 Aiden...
去年4月底,我们分享了一篇菲沙基因Hi-C项目的物种经验,主要展现超高的Hi-C数据质量,详见链接以超高数据质量,打造全国“Hi-C建库中心”!时间来到2023年11月,在这一年半期间,我们又构建了上千例Hi-C文库,物…
我们早期通过酿酒酵母Hi-C一战成名(详见链接:【Nature】菲沙基因助力中科院上海植生所发表Hi-C重磅成果!),自此之后几乎承包了酿酒酵母Hi-C,有效数据率基本上稳定在90%以上,此外还做了裂殖酵母、解脂耶氏酵母、扣囊复膜酵母。酵母Hi-C专业户,名副其实。除了酵母,我们还解决了植物病菌届的两大罪魁祸首“禾谷镰刀菌...
五、Encode 数据库中的Hi-C 像上期一样,我们在最后给大家列出Encode数据库中已经有的Hi-C实验数据,利用这些已有的数据,找到对应于自己课题相关的细胞系或者实验设计,可以快速获得有用信息。如图4,Encode中已有35个来自人类不用组织和细胞的Hi-C数据 图4,ENCODE Hi-C数据展示 ...
我们在最后给大家列出Encode数据库中已经有的Hi-C实验数据,利用这些已有的数据,找到对应于自己课题相关的细胞系或者实验设计,可以快速获得有用信息。如图4,Encode中已有35个来自人类不用组织和细胞的Hi-C数据 图4ENCODE Hi-C数据展示 总结 N 基于基因组二维数据结构研究生命现象已经不能满足现在科研的需求,随着探索染...
通过顶部下拉框,选择不同的数据库进行查看,示意如下 cell line用于选择细胞系,提供了K562和GM06690两种细胞系的数据,x-axis和y-axis用于选择需要展示的染色体名称,Resolution指定分辨率,Data Type指定数据类型,是归一化之后的数据还是原始数据,或者是相关性的结果,Color Range指定颜色的映射范围,选择好数据之后,点击View...
1、下载situ ChIA-PET和situ Hi-C数据 用于下载situ ChIA-PET和situ Hi-C数据的两个主要数据库是ENCODE和4DN 。这两个网站都具有直观的用户界面,可按照物种,细胞类型或实验方法搜索数据。每个数据集的网页中都有一个“Audits”部分,表明数据质量情况。用户搜索到满意的数据集可下载原始测序数据的FASTQ文件。对于sit...
通过顶部下拉框,选择不同的数据库进行查看,示意如下 cell line用于选择细胞系,提供了K562和GM06690两种细胞系的数据,x-axis和y-axis用于选择需要展示的染色体名称,Resolution指定分辨率,Data Type指定数据类型,是归一化...
可以通过对话框连接到指定的表上,也可以通过SQL查询查询使用的数据库。 数据源 此处指定我们需要的数据源,可以手动填写,也可以通过下拉菜单进行添加,此处我们铜鼓下拉菜单添加,如下图: 在弹出的对话框中,我们选择test数据源。 数据源 列出目前我们可用的数据源,如果是刚刚添加的,单击刷新,选择数据源,输入用户名和密码...