HiCUP(Hi-C User Pipeline) 是由英国Babraham研究所开发的一款用于预处理HiC数据的软件,该软件利用HiC建库过程中使用的限制性内切酶识别原始HiC reads的酶切位点和参考基因组的酶切位点文件,然后通过比对、过滤和去重复步骤来获得有效的HiC数据用于下游分析。它主要通过5个perl脚本(除控制脚本)实现目的。 hiCUP分...
~/opt/biosoft/HiC-Pro_2.11.1/bin/HiC-Pro -i fastq -o results -c config-hicpro.txt HiC-Pro会新建一个工作目录,results, 之后会遍历fastq目录,寻找其中的fastq文件,将其软连接到results下的rawdata, 之后就开始用bowtie2比对以及后续的分析。 测试数据代码运行到Run ICE Normalization就中断了,可能是用的...
Read所在链可以通过FALG计算,我统计之后发现只有0和16两个值(2048会被直接过滤掉),0表示'+',而16表示'-'。 HiC-Pro的输出文件*.allValidPairs read的ID read1比对的contig,对应SAM的第三列,RNAME read1比对的contig的位置,对应SAM的第四列,POS read1所在链 read2比对的contig,对应SAM的第三列,RNAME read...