HiC测序的原理是利用生物素标记交联有互作的染色体片段,将它们固定在同一条片段上。📚 准备基因组索引 使用bwa工具为参考基因组建立索引,这是数据处理的第一步。🔄 测序数据比对 利用bwa将测序数据比对到基因组,这是数据处理的核心步骤。🌿 数据过滤 过滤比对数据,可以选择使用hicpro, hicexplorer, juicer等软件...
结果文件都放在了生成的 aligned 文件夹中,主要文件是inter.hic和inter_30.hic文件,其中的inter_30.hic 是设置了 MAPQ threshold >30 后得到的结果。 重复样本合并 使用juicer_tools工具进行下游分析 目前针对Hi-C数据的研究主要是三个方面,分别是A/B comparment,TADS,Loops。 juicer_tools.jar功能介绍 arrowhead...
HiCUP(Hi-C User Pipeline) 是由英国Babraham研究所开发的一款用于预处理HiC数据的软件,该软件利用HiC建库过程中使用的限制性内切酶识别原始HiC reads的酶切位点和参考基因组的酶切位点文件,然后通过比对、过滤和去重复步骤来获得有效的HiC数据用于下游分析。它主要通过5个perl脚本(除控制脚本)实现目的。 hiCUP分...
功能化Hi-C数据处理分析技术与验证则是对Hi-C生成的数据进行分析与解读的过程,以揭示染色体三维空间结构与基因调控之间的关系。 功能化Hi-C数据处理分析技术的核心任务是从原始Hi-C数据中提取出相关信息,进一步识别与分析染色体的三维结构和基因调控蛋白的相互作用关系。首先,对原始Hi-C数据进行预处理,包括质量控制,...
juicer采用ArrowHead算法对原始的交互矩阵进行转化,并预测TAD拓扑关联结构域,采用HiCUUPS算法识别染色质环chromatin loops。和其他Hi-C数据处理软件相比,juicer的功能更为齐全 juicer独创了一种名为hic的文件格式,用来存储Hi-C数据的相关信息,这种格式是一种高度压缩的二进制文件格式,在以下链接可以查看这...
HiC-Pro是一个高效率的Hi-C数据预处理工具,能够应用于dilution Hi-C, in situ Hi-C, DNase Hi-C, Micro-C, capture-C, capture Hi-C 和 HiChip 这些数据。 HiC-Pro的工作流程如下, 简单的说就是先双端测序各自比对,然后进行合并,根据合并的结果筛选有效配对。之后有效配对用于构建contact maps. ...
HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件,提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能,运行效率高,用法简便。该软件对应的文章链接如下 https://genomebiology.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s13059-015-0831-x 完整的pipeline如下图所示 ...
gitclonehttps://github.com/nservant/HiC-Pro.git next, conda env create -f MY_INSTALL_PATH/HiC-Pro/environment.yml -p WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV 在此过程中可能需要比较多的依赖关系,下载速度较慢. 配置文件 这也是最头疼的地方,感觉很凌乱. ...
现在才正式开始数据处理实战,其中实战的测试数据,参考基因组以及对应的软件安装都是在第3讲:流程及软件 。...Hic-pro 软件 Hic-pro安装比较麻烦,我就不重复写了,大家仔细查看第3讲:流程及软件 。...很明显,前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在: source activate hi
我在用HiC-Pro的时候 遇到了好些问题 希望可以有人帮我看一下，一起学习