hic 分析流程 HIC分析流程:收集数据,确定分析目标;数据预处理,提取关键信息;运用HIC方法进行深度分析;解读分析结果,制定策略;实施并监控效果,持续优化。确保流程规范,结果准确。©2022 Baidu |由 百度智能云 提供计算服务 | 使用百度前必读 | 文库协议 | 网站地图 | 百度营销 ...
Hi-C数据的标准处理流程主要包括:序列比对、数据过滤、数据Binning(将数据分成小单元)和数据校正。将测序得到的Hi-C双端序列与参考序列比对,仅双端均唯一匹配到参考序列上的paired reads(valid pairs)才能用于后续分析,最后再将valid pair序列去除PCR冗余后才是用于Hi-C分析的最终有效数据,该数据占所有测序数据的比率...
HiC数据分析实战之通过文章来了解流程 通过第一讲:三维基因组学习笔记,我们了解了3D基因组研究范围,然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能,也就是第二讲:生信基础技能 最后提炼出了数据分析流程,并且安装好了对应的软件,也就是第3讲:流程及软件 本来准备直接实战了,但是在看一些新的paper 时候...
该方法包括以下步骤:s1,将组装基因组和参考基因组进行比对,得到组装基因组和参考基因组序列名称的对应关系文件;s2,将hic测序的二代数据和组装基因组进行比对,得到比对的bam文件;s3,对s2得到的bam文件进行聚类,得到聚类文件原始的.hic文件和assembly文件;s4,对s3得到的聚类文件原始的.hic文件和assembly文件进行手动调整,...
其分析流程包括:将空间结构临近的DNA片段进行交联,富集交联的DNA片段,进行高通量测序,对测序数据进行分析,揭示全基因组范围内的染色体片段间的交互作用。具体来说,HIC技术可以揭示基因组的一般结构特征,包括从隔室(动物中A/BCompartments,植物中为CSD/LSD)到拓扑相关结(TADs)等。 在生产Q345R(HIC)钢板时,需要注意...
HiCPro先采用bowtie分别对PE reads进行比对 对未比对上的reads进行trim和再比对 分别对R1 & R2 reads两次比对的结果合并 Hi-C数据的标准处理流程主要包括:序列比对、数据过滤、数据Binning(将数据分成小单元)和数据校正。将测序得到的Hi-C双端序列与参考序列比对,仅双端均唯一匹配到参考序列上的paired reads(valid...
6.遵循相关的伦理和法律规定,确保数据的合法使用和共享。 以上是Hicpro数据分析的一般流程,具体的分析步骤和方法可能会因研究目的和数据特点而有所不同。在实际应用中,需要根据具体情况进行灵活调整和优化。同时,不断学习和掌握新的分析技术和方法,以提高数据分析的准确性和可靠性。©...
确保流程规范,结果准确。 hic 分析流程 hic 分析流程 HIC(Hi-C)技术是一种用于研究基因组空间结构的高通量测序技术。其分 析流程包括:将空间结构临近的 DNA 片段进行交联,富集交联的 DNA 片段,进 行高通量测序,对测序数据进行分析,揭示全基因组范围内的染色体片段间的 交互作用。具体来说,HIC 技术可以揭示基因...
对分析结果进行验证,可以通过实验方法如ChIP-seq、RNA-seq等进行验证。 结合生物学知识和先前的研究,对结果进行解释和讨论,提出相关的生物学假设。 注意事项: 在进行Hicpro数据分析之前,确保对Hi-C技术和数据分析的基本原理有一定的了解。 选择合适的数据分析工具和参数,根据数据特点和研究目的进行调整。 数据质量控制...
We utilized the iterative correction and eigenvector decomposition (ICE) method and HiCNorm to normalize raw interaction matrices 好奇怪,里面没有用的hiclib也没有用hicpro软件,而且也没有走完我们第三讲总结好的那些流程。 看看数据处理的中间文件