We utilized the iterative correction and eigenvector decomposition (ICE) method and HiCNorm to normalize raw interaction matrices 好奇怪,里面没有用的hiclib也没有用hicpro软件,而且也没有走完我们第三讲总结好的那些流程。 看看数据处理的中间文件 我尝试下载了HindIII_HiC_TAD_40kb.tar.gz文件和HindIII_Hi...
6.遵循相关的伦理和法律规定,确保数据的合法使用和共享。 以上是Hicpro数据分析的一般流程,具体的分析步骤和方法可能会因研究目的和数据特点而有所不同。在实际应用中,需要根据具体情况进行灵活调整和优化。同时,不断学习和掌握新的分析技术和方法,以提高数据分析的准确性和可靠性。©...
对分析结果进行验证,可以通过实验方法如ChIP-seq、RNA-seq等进行验证。 结合生物学知识和先前的研究,对结果进行解释和讨论,提出相关的生物学假设。 注意事项: 在进行Hicpro数据分析之前,确保对Hi-C技术和数据分析的基本原理有一定的了解。 选择合适的数据分析工具和参数,根据数据特点和研究目的进行调整。 数据质量控制...
HiC数据分析实战之通过文章来了解流程 通过第一讲:三维基因组学习笔记,我们了解了3D基因组研究范围,然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能,也就是第二讲:生信基础技能 最后提炼出了数据分析流程,并且安装好了对应的软件,也就是第3讲:流程及软件 本来准备直接实战了,但是在看一些新的paper 时候...
通过第一讲:三维基因组学习笔记,我们了解了3D基因组研究范围,然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能,也就是第二讲:生信基础技能最后提炼出了数据分析流程,并且安装好了对应的软件,也就是第3讲:流程及软件 本来准备直接实战了,但是在看一些新的paper 时候发现我漏掉了hic技术应用的文章解读,我还...
其分 析流程包括:将空间结构临近的 DNA 片段进行交联,富集交联的 DNA 片段,进 行高通量测序,对测序数据进行分析,揭示全基因组范围内的染色体片段间的 交互作用。具体来说,HIC 技术可以揭示基因组的一般结构特征,包括从隔室 (动物中 A/BCompartments,植物中为 CSD/LSD)到拓扑相关结(TADs)等。 在生产 Q345R(...
通过第一讲:三维基因组学习笔记,我们了解了3D基因组研究范围,然后根据我在生信技能树发布的生信工程师标准提炼出基础技能,也就是第二讲:生信基础技能最后提炼出了数据分析流程,并且安装好了对应的软件,也就是第3讲:流程及软件 本来准备直接实战了,但是在看一些新的paper 时候发现我漏掉了hic技术应用的文章解读,我还...