HiC数据分析实战(一) 首先需要明白数据分析流程,可以查看第一讲:三维基因组学习笔记,提炼流程如下: Hi-C标准分析流程(比对及过滤,原始互作图谱构建) 下载参考基因组及构建bowtie2索引 把fq测序数据比对都参考基因组 过滤及挑选符合要求的比对结果 原始互作图谱构建 互作图谱迭代校正 Compartment分析 TAD分析 显著互作Loo...
将三维基因组甲醛交联固定,用内切酶进行酶切,酶切完在末端加生物素进行末端修复,然后进行连接,连接后对去除蛋白并打断成小片段,用磁珠捕获带生物素的片段进行测序。 Hi-C分析流程 (a)首先是质控,过滤后高质量的FASTQ数据(PE,150bp),如果比对软件不支持split mapping的话,一般选用迭代比对,因为连接处由于是基因组外...
Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。 图1. 染色体三维结构图 一、技术优势 1、无需专门构建群体,单个样本实现辅助基因组组装; 2、精确率高,人类基因组锚定染色体精确率为98%,排序和定; 3、周期短,性价比高。 二、技术流程 1、用甲...
对分析结果进行验证,可以通过实验方法如ChIP-seq、RNA-seq等进行验证。 结合生物学知识和先前的研究,对结果进行解释和讨论,提出相关的生物学假设。 注意事项: 在进行Hicpro数据分析之前,确保对Hi-C技术和数据分析的基本原理有一定的了解。 选择合适的数据分析工具和参数,根据数据特点和研究目的进行调整。 数据质量控制...
输出结果目录如下 代码语言:javascript 复制 |--bowtie_results|--config_test_latest.txt|--hic_results|--logs|--rawdata->/HiC-Pro-2.11.1/test_data/`--tmp 其中hic_results目录下是最终结果,包含了不同分辨率下的hi-c图谱和质控的图表。 ·end·...