与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
从先前发表的Notch过表达、敲低和抑制的RNA测序(RNA-seq)实验以及Notch细胞内结构域(NICD)染色质免疫沉淀和下拉质谱数据集中筛选了高质量的Notch激活和Notch抑制基因特征。通过将HMECs与配体涂层板(重组DLL1 + DLL4)孵养20小时来验证Notch信号,这激活了Notch激活信号(117个基因)并抑制了Notch抑制信号(34个基因)(...
Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。 强术语版: Hi-C技术主要将空间结构临近的DNA片段进行交联,并将交联的DNA片段富集,然后进行高通量测序,对测序数据进行分析即可揭示全基因组范围内的染色体片段间的交互作用。利用Hi-C技术可以揭示基因组...
Hi-C(High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系,获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状...
A: Hi-C 是以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,研究全基因组范围内整个染色质 DNA 在空间位置上的关系,捕获不同基因座位上之间的空间交互信息。Hi-C 可以与 RNA-Seq、ChIP-Seq 等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。(参考文章:Hi-C 技术,Hi-C技术到底能...
本研究利用RNA-seq、ATAC-seq和 Hi-C技术在脊索瘤和脊索来源的髓核中综合分析了基因表达情况和染色质可及性,结果表明骨微环境和骨骼系统发育在脊索瘤发生中的潜在作用。此外,通过比较差异表达基因(DEG),发现CA2在脊索瘤中高表达,其抑制剂盐酸多佐胺可靶向作用于CA2,从而抑制脊索瘤细胞增殖、迁移、致瘤性和破骨细胞...
通过RNA-seq和ATAC-seq分析结果,作者发现非神经前体细胞调控TFPtf1a可以将小鼠和人的成纤维细胞直接重编程为具有分化出神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞的潜能和自我更新能力的iNSC,并在移植后可以改善阿尔茨海默病小鼠模型的认知功能障碍。相比...
多个Hi-C 重复的非对角线分析。虚线表示相互作用区域之间给定距离处相互作用频率的非对角向量。右:转换为类似于 RNA-seq 数据的矩阵格式,IF 可以进行归一化,可以使用经验贝叶斯方法估计重复之间的方差,并且可以使用对数线性 GLM 检测差异。 ➡️ 精确测试 ...
Hi-C可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析,从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。 强术语版: Hi-C技术主要将空间结构临近的DNA片段进行交联,并将交联的DNA片段富集,然后进行高通量测序,对测序数据进行分析即可揭示全基因组范围内的染色体片段间的交互作用。利用Hi-C技术可以揭示基因组...