首先,研究人员使用串联质谱标签(TMT)和RNA-Seq对5对HCC肿瘤和邻近非癌组织进行了全面的转录组学和蛋白质组学研究。共鉴定了5351个蛋白质,977个差异表达蛋白(DEPs),其中大多数蛋白质表达上调(621个),少数蛋白质表达下调(356个)。火山图分析显示出显著差异,显著失调基因的热图分析显示出HCC和对照组织之间聚类的基因表...
首先,研究人员使用串联质谱标签(TMT)和RNA-Seq对5对HCC肿瘤和邻近非癌组织进行了全面的转录组学和蛋白质组学研究。共鉴定了5351个蛋白质,977个差异表达蛋白(DEPs),其中大多数蛋白质表达上调(621个),少数蛋白质表达下调(356个)。火山图分析显示出显著差异,显著失调基因的热图分析显示出HCC和对照组织之间聚类的基因表...
TMG2表达与AFP水平升高、分化不良、BCLC分期较晚呈正相关。本文通过CUT&Tag联合RNA-seq测序技术,发现TGM2能够向MYC基因募集,促进H3Q5ser修饰MYC靶基因从而增强HCC进展。TGM2作为预后生物标志物,靶向其转谷氨酰胺酶活性可能是抑制HCC进展的有效策略。 CUT&Tag产品介绍 CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法,该方法...
图2 活检样本单细胞RNA测序分析 对PBMCs的动态scRNA-seq表明,治疗后T细胞亚群扩增,细胞毒性相关基因(如GZMB、GNLY和IFNG)和增殖标志物(MKI67)表达增加,且在反应者中更为显著。这伴随着反应者中非经典单核细胞频率的降低和M2型单核细...
本研究通过RNA-seq和生物信息学分析筛选出细胞因子信号传导抑制因子2(SOCS2)作为HCC放疗的潜在预后预测因子,随后确定其在体内或体外促进HCC的放射敏感性。同时,测定溶质载体家族7成员11(SLC7A11)和谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)的铁死亡负调节蛋白、细胞...
通过qRT-PCR(左图)和RNA-seq(右图)验证VIM-AS1过表达细胞。在VIM-AS1过表达后上调和下调基因的差异表达基因(DEG)相关性分析图(左图)。红色=前5个上调基因;蓝色=前5个下调基因。VIM-AS1下调的DEG的GO分析(右图)。与细胞粘附相关下调DEG的GSEA结果。VIM-AS1过表达细胞中细胞粘附相关基因qRT-PCR。迁移和侵袭实验...
通过qRT-PCR(左图)和RNA-seq(右图)验证VIM-AS1过表达细胞。在VIM-AS1过表达后上调和下调基因的差异表达基因(DEG)相关性分析图(左图)。红色=前5个上调基因;蓝色=前5个下调基因。VIM-AS1下调的DEG的GO分析(右图)。与细胞粘附相关下调DEG的GSEA结果。VIM-AS1过表达细胞中细胞粘附相关基因qRT-PCR。迁移和侵袭实验...
在确认MCTC HCC免疫细胞的浸润情况后，作者对TME中的细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），发现MCTC HCC中存在一种特殊的巨噬细胞表型。这种表型与脂质相关（LA -TAM）、免疫调节（Reg -TAM）和促血管生成（Angio-TAM）表型表现出相关的特征，这些巨噬细胞通过促进免疫逃避、提供营养和满足癌细胞的代谢需求参与肿...
(图1A B),在 LPS 介导的 ALI 动物模型中,HCC 治疗剂量依赖性地减轻了炎症细胞浸润、肺水肿和肺泡塌陷、肺壁增厚以及 LPS 治疗引起的巨噬细胞活化(图1C),这明确了HCC 在炎症治疗中的潜力,研究人员通过RNA-seq分析发现,HCC通过抑制NF-κB通路的激活,减少炎症因子的释放,同时调节抗氧化相关基因和蛋白的表达,改善...
首先,为了研究circRNAs在HCC肿瘤发生中的作用,研究人员对10对HCC和邻近非癌肝脏(ANL)组织进行RNA-seq分析。结果发现,与ANL组织相比,在HCC中共检测到92,204个不同的circRNAs,其中4个上调,38个下调。基于失调circRNAs的差异表达水平,研究人员发现hsa_circ_0095868(来源于MDK基因的exon 5,命名为circMDK)显著上调,HCC组织...