首先,研究人员使用串联质谱标签(TMT)和RNA-Seq对5对HCC肿瘤和邻近非癌组织进行了全面的转录组学和蛋白质组学研究。共鉴定了5351个蛋白质,977个差异表达蛋白(DEPs),其中大多数蛋白质表达上调(621个),少数蛋白质表达下调(356个)。火山图分析显示出显著差异,显著失调基因的热图分析显示出HCC和对照组织之间聚类的基因表...
首先,研究人员使用串联质谱标签(TMT)和RNA-Seq对5对HCC肿瘤和邻近非癌组织进行了全面的转录组学和蛋白质组学研究。共鉴定了5351个蛋白质,977个差异表达蛋白(DEPs),其中大多数蛋白质表达上调(621个),少数蛋白质表达下调(356个)。火山图分析显示出显著差异,显著失调基因的热图分析显示出HCC和对照组织之间聚类的基因表...
技术平台:BS、ChIP-seq、MeRIP-seq分析、RNA-seq等(易基因金牌技术) 本研究首先利用CGRC和TCGA数据库中HCC患者样本的DNA甲基化数据,鉴定出HCC中的高甲基化CpG位点。数据分析结果揭示了cg02746869是VIM-AS1的关键调控位点。调控VIM-AS1表达的HCC细胞RNA-seq测序揭示了EPHA3是VIM-AS1的病理靶标,在HCC中发挥致癌作用。
TMG2表达与AFP水平升高、分化不良、BCLC分期较晚呈正相关。本文通过CUT&Tag联合RNA-seq测序技术,发现TGM2能够向MYC基因募集,促进H3Q5ser修饰MYC靶基因从而增强HCC进展。TGM2作为预后生物标志物,靶向其转谷氨酰胺酶活性可能是抑制HCC进展的有效策略。 CUT&Tag产品介绍 CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法,该方法...
对PBMCs的动态scRNA-seq表明,治疗后T细胞亚群扩增,细胞毒性相关基因(如GZMB、GNLY和IFNG)和增殖标志物(MKI67)表达增加,且在反应者中更为显著。这伴随着反应者中非经典单核细胞频率的降低和M2型单核细胞极化的减少(图3)。 图3 外周...
在确认MCTC HCC免疫细胞的浸润情况后，作者对TME中的细胞进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq），发现MCTC HCC中存在一种特殊的巨噬细胞表型。这种表型与脂质相关（LA -TAM）、免疫调节（Reg -TAM）和促血管生成（Angio-TAM）表型表现出相关的特征，这些巨噬细胞通过促进免疫逃避、提供营养和满足癌细胞的代谢需求参与肿瘤...
放射耐药性是肝细胞癌(HCC)放疗失败的罪魁祸首。对HCC中放射耐药的调控基因和潜在机制的见解有待深入研究。本研究通过RNA-seq和生物信息学分析筛选出细胞因子信号传导抑制因子2(SOCS2)作为HCC放疗的潜在预后预测因子,随后确定其在体内或体外促进HCC的...
在确认MCTC HCC免疫细胞的浸润情况后,作者对TME中的细胞进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq),发现MCTC HCC中存在一种特殊的巨噬细胞表型。这种表型与脂质相关(LA -TAM)、免疫调节(Reg -TAM)和促血管生成(Angio-TAM)表型表现出相关的特征,这些巨噬细胞通过促进免疫逃避、提供营养和满足癌细胞的代谢需求参与肿瘤的发生。
Fig. 1 | 基于scRNA-seq的乙型肝炎病毒(HBV)相关CK19 + HCC分析研究流程示意图 a:研究流程图。收集了来自未治疗患者的HCC组织,包括3个CK19阴性HCC和8个CK19阳性HBV相关HCC患者的单细胞RNA测序作为发现队列。 b:96名HBV相关HCC患者(191个样本)的批量RNA测序作为验证队列1;89个复发的原发性HCC样本的批量RNA测序...
首先,为了研究circRNAs在HCC肿瘤发生中的作用,研究人员对10对HCC和邻近非癌肝脏(ANL)组织进行RNA-seq分析。结果发现,与ANL组织相比,在HCC中共检测到92,204个不同的circRNAs,其中4个上调,38个下调。基于失调circRNAs的差异表达水平,研究人员发现hsa_circ_0095868(来源于MDK基因的exon 5,命名为circMDK)显著上调,HCC组织...