ꔷ study_id:GWASCatalog里研究的accession号,前四个字母是“GCST”,可以是向量类型 ꔷ association_id:GWAS catalog里的关联信息ID,是一个数字,可以是向量类型 ꔷ variant_id:GWASCatalog里的遗传变异信息,一般均为rsid,可以是向量类型 ꔷ efo_id:GWAS Catalog里性状的ID号,以“EFO”开头,可以是向量类型...
多种性状的比较分析:GWAS Catalog提供了大量与多种性状和疾病相关的数据,研究者可以进行不同性状之间的比较分析,识别共享的遗传变异。这种比较可以揭示不同疾病间的遗传关联性,为多种疾病的共病机制提供线索。 基因组关联网络构建:利用GWAS Catalog数据,研究者可以构建基因组关联网络,探索变异、基因与表型之间的关系。通...
这里的get_studies()的主要参数如下:(1)参数study_id:代表GWASCatalog里研究的accession号,前四个字母是“GCST”,可以是向量类型;(2)参数association_id:代表GWAS catalog里的关联信息ID,是一个数字,可以是向量类型;(3)参数variant_id:代表GWASCatalog里的遗传变异信息,一般均为rsid,可以是向量类型;(4)参数efo_...
along with the reported allele, so that all ORs included in the Catalog are >1. Appropriate unit and increase/decrease are included for beta coefficients.
GWAS Catalog,查啥? 今天我们来聊聊GWAS Catalog,这可是全球最大的GWAS Summary数据库哦!这个数据库是由NHGRI在2008年建立的,真的是相当牛气。 查找性状 首先,你要找什么性状?直接在搜索框里输入关键词就行啦!比如说,你想找和某种疾病相关的GWAS数据,输入关键词后,你会看到一堆结果。每个结果都会告诉你这个性状...
美国National Human Genome Research Institute (NHGRI) 和欧洲的 European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) 为了便于研究者快速高效地获取当前的GWAS结果,共同开发和制作的NHGRI GWAS Catalog公共资源。GWAS Catalog的数据有专门的科学家从文献中手动提取(区别于计算机自动抓取,更准确可靠)。
GWAS Catalog是一个专门收集、整理和提供GWAS研究结果的数据库,由欧洲生物信息学研究所(EBI)负责维护。该数据库致力于将全球范围内的GWAS研究数据进行整合,为科研人员提供一个统一、便捷的查询平台。 GWAS Catalog数据库包含了丰富的信息。首先,它提供了与各种疾病或表型特征相关的基因和基因变异信息。通过查询特定的疾病...
GWAS Catalog的搜索功能非常强大,用户可以根据多种条件进行检索,包括publications(文献)、variants(变异位点)、traits(性状)、genes(基因)和region(区域)等。以突变位点rs7329174为例,输入关键词后,搜索结果将显示该位点的染色体位置、对应基因、关联分析的详细结果、关联性状的描述以及LD(连锁不平衡)等信息。 Browse 浏...
整理GWAS Catalog数据下载链接。在本视频中,我们将介绍如何整理和获取GWAS Catalog中他人论文中的数据下载链接。还想学习哪些知识,可以评论区留言告诉我!代码领取后台tt,可答疑可辅导可分析, 视频播放量 813、弹幕量 0、点赞数 15、投硬币枚数 9、收藏人数 22、转发人数
目前GWAS Catalog 数据库中已经收录了很多GWAS的数据有待大家取挖掘。 GWAS Catalog数据库简介: 由美国National Human Genome Research Institute (NHGRI) 和欧洲的 European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) 为了便于研究者快速高效地获取当前的GWAS结果,共同开发和制作的NHGRI GWAS Catalog公共资源。ebi.ac.uk/gwas...