GWAS catalog数据库于2008年由National Human Genome Research Institute (NHGRI)建立,旨在应对快速增长的全基因组关联分析(GWAS)数据。该数据库为我们检索已发表GWAS与显著相关提供了方便。 该数据库中主要包含了已发表或未发表GWAS的Summary statistics ,截止到2024年3月28日,GWAS catalog已经收录了6,799篇文献,包括58...
通过GWAS Catalog的官网,用户可以方便地进行检索、查询和下载对应的信息。常用的功能模块包括: Search GWAS Catalog的搜索功能非常强大,用户可以根据多种条件进行检索,包括publications(文献)、variants(变异位点)、traits(性状)、genes(基因)和region(区域)等。以突变位点rs7329174为例,输入关键词后,搜索结果将显示该位点...
整理GWAS Catalog数据下载链接。在本视频中,我们将介绍如何整理和获取GWAS Catalog中他人论文中的数据下载链接。还想学习哪些知识,可以评论区留言告诉我!代码领取后台tt,可答疑可辅导可分析, 视频播放量 813、弹幕量 0、点赞数 15、投硬币枚数 9、收藏人数 22、转发人数
OR or BETA*: Reported odds ratio or beta-coefficient associated with strongest SNP risk allele. Note that if an OR <1 is reported this is inverted, along with the reported allele, so that all ORs included in the Catalog are >1. Appropriate unit and increase/decrease are included for beta...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics)
GWAS Catalog数据库:https://www.ebi.ac.uk/gwas/ GWAS Catalog(全称:Genome-Wide Association Study Catalog)是一个存储基因组范围关联研究(GWAS)结果的数据库。收集、整理和提供了各种研究中发现的基因-表型关联数据。其是EMBL-EBI旗下的一个数据库,收录了比较全的公开发表的GWAS分析结果。
GWAS Catalog Submisson: GWAS Catalog Submissionwww.ebi.ac.uk/gwas/deposition 一、填写基本信息 1.1 Get started! 1.2 根据自己项目情况填写 1.3 写入对项目的描述、作者等信息 1.4 把所有勾选上,点击Create Submission 这里注意要先安装和配置Globus哦 ...
这里的get_studies()的主要参数如下:(1)参数study_id:代表GWASCatalog里研究的accession号,前四个字母是“GCST”,可以是向量类型;(2)参数association_id:代表GWAS catalog里的关联信息ID,是一个数字,可以是向量类型;(3)参数variant_id:代表GWASCatalog里的遗传变异信息,一般均为rsid,可以是向量类型;(4)参数efo_...
方法：从GWASCatalog数据库中获取不同ID号的39种血浆凝血因子的全基因组关联研究数据，从开放全基因组关联研究数据库(IEUOpenGWAS)中获取慢性肾脏病全基因组关联分析数据(ebi-a-GCST003374)，其中慢性肾脏病数据集的样本量为117165例，单核苷酸多态性位点数量为2179497个。使用逆方差加权法、MR-Egger回归法、加权中位...
GWAS Catalog数据库:https://www.ebi.ac.uk/gwas/ GWAS Catalog(全称:Genome-Wide Association Study Catalog)是一个存储基因组范围关联研究(GWAS)结果的数据库。收集、整理和提供了各种研究中发现的基因-表型关联数据。其是EMBL-EBI旗下的一个数据库,收录了比较全的公开发表的GWAS分析结果。