转换的话需要在linux下进行,Cufflinks里面的工具gffread #gff2gtfgffread my.gff3 -T -o my.gtf#gtf2gffgffread merged.gtf -o- > merged.gff3 上面这两步是对gff3和gtf格式的文件进行相互转换。 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fagffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fagffread ...
转换的话需要在linux下进行,Cufflinks里面的工具gffread #gff2gtfgffread my.gff3 -T -o my.gtf#gtf2gffgffread merged.gtf -o- > merged.gff3 上面这两步是对gff3和gtf格式的文件进行相互转换。 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fagffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fagffread ...
以stringTie组装并merge后的结果文件(merged.gtf)为例,参考基因组注释文件为gencode.vM13.annotation.gtf,compare下两者的结果并进行注释 gffcompare -R -r gencode.vM13.annotation.gtf -o strtcmp merged.gtf 输出文件几乎跟cuffcompare一样,除了结果中的.combined.gtf变为.annotated.gtf,但是文件里的格式几乎是一...
默认输出的就是GTF3的格式,结果如下: 3)、其他(未尝试) genome tools http://genometools.org/tools/gt_gff3_to_gtf.html ea-utils https://github.com/ExpressionAnalysis/ea-utils/blob/master/clipper/gff2gtf pasa https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/blob/master/misc_utilities/gff3_to_gtf_...
目前使用比较广泛的工具分别为cufflinks-gffread、UCSCtools-gff3ToGenePred以及一些python包,例如bioinfokit。 使用方法分别如下: # 任务目标:输入test.gff,输出入test.gtf # cufflinks-gffread gffread test.gff -T -F -o test.gtf # UCSCtools-gff3ToGenePred ...
(转) gffcompare和gffread | gtf | gff3 格式文件的分析 | gtf处理 | gtfparse 2018-03-19 06:07 −... Life·Intelligence 0 5998 其它wps去广告 2019-12-21 00:10 −原文:http://www.360doc.com/content/19/0618/15/38017100_843312032.shtml 原文:http://wps.crcc.cn/ ... ...
https://reneshbedre.github.io//assets/posts/gffgtf/Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3 3.运行python代码转换格式,其实也就一条命令就能搞定 Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1912 64 bit (AMD64)] :: Anaconda, Inc. on win32 ...
这个其实在服务器联网的状态下,操作起来十分简单 首先给服务器安装conda 然后用conda安装gffread conda install-c bioconda gffread 安装好之后,一条命令搞定 gffread HC.gff3 -T -o HC.gtf 反过来也可以 gffread HC.gtf -o HC.gff3 如果没有linux系统,那么可以采用biopython ...
您好老师，我想问一下我利用gffread把gff文件转换成gtf时，老提示duplicate/invalid 'mRNA' feature ID=...
gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF(基于1)格式的输入基因组注释,并将特定特征转换为6列BED格式(基于0),同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时,此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处