AGAT (Another GTF/GFF Analysis Toolkit) 是一个 GFF/GTF 工具包,几乎能实现所有你可能想要对这两种格式文件进行的操作。 AGAT 有能力检查、修复、填充任何类型的 GTF 和 GFF 的缺失信息 (特征/属性),以创建完整、分类和标准化的 gff3 格式。经过多年的优化,它已经开发了大量工具来执行几乎任何可能与 GTF/GFF...
AGAT可自动检测并修复GTF/GFF文件中的格式错误(如缺失必填字段、层级关系断裂等),补充必要注释信息(如基因ID、转录本类型),确保数据符合标准规范,提升后续分析兼容性。 格式转换与兼容性 支持将GTF/GFF文件转换为其他常用格式(如BED、GTF2/GFF3互转),并适配下游分析工具需求。例如,可将注释文件转换...
Hi I have been using agat for two years for now and it has worked wonders. I have recently discovered that a new RNASeq QC tool that requires a feature collapsed GTF. NOTE: This tool requires that the provided GTF be collapsed in such a ...
AGAT AGAT是Another Gff Analysis Toolkit的缩写, 是一个用于处理GTF/GFF文件的工具。AGAT 有检查、修复、填充任何类型的 GTF 和 GFF 的缺失信息(特征/属性),以创建完整、排序和标准化的 gff3 格式。 01 安装 c…
AGAT (Another GTF/GFF Analysis Toolkit) 是一个 GFF/GTF 工具包,几乎能实现所有你可能想要对这两种格式文件进行的操作。
接下来介绍如何将embl格式转换成gff3格式,使用的工具是agat。 首先,agat是什么? AGAT(Another GTF/GFF Analysis Toolkit)是一个GTF/GFF工具包,允许您执行几乎所有您可能想要完成的任务。AGAT是一套工具,能够处理任何GTF/GFF格式,并执行您可能需要的大多数任务。这使得AGAT在处理和分析基因组注释数据时具有极大的灵活...
gff格式与gtf格式转换——gffread - 简书 (jianshu.com) NBISweden / AGAT是一款可以处理gff/gtf文件中基因注释的工具,有能力检查、修复、填充任何类型的GTF和GFF的缺失信息,以创建完整的排序和标准化的gff3格式。 官网: https://github.com/NBISweden/AGAT#update-agat ...
早前接触到RNA-Seq,在进行GFF转GTF这一步时,使用的是cufflinks的附属工具gffread, 但是发现如果GFF更加不规则一些,gffread就没有办法处理了。 这几天发现一个软件非常好用:AGAT。 举个例子 下面这个文件,是从miRBase官网下载的ath.gff3,包含的是拟南芥中miRNA的位置信息,如果想要刁钻一点使用STAR进行miRNA-seq分析,...
接下来介绍如何将embl格式转换成gff3格式,使用的工具是agat。 首先,agat是什么? AGAT(Another GTF/GFF Analysis Toolkit)是一个GTF/GFF工具包,允许您执行几乎所有您可能想要完成的任务。AGAT是一套工具,能够处理任何GTF/GFF格式,并执行您可能需要的大多数任务。这使得AGAT在处理和分析基因组注释数据时具有极大的灵活...