gff.gff_to_gtf(file="./test.gff") 结果评价 我们使用小鼠NCBI-mm10版本进行评测,统计结果如下,结果显示cufflinks-gffread 和UCSCtools-gff3ToGenePred基本上会丢失很多的feature-type,基本上只留下了CDS和exon,python3-bioinfokit可以多保留一些,包括miRNA、transcript等信息,但都不尽如人意,在复杂的结构注释情况...
https://reneshbedre.github.io//assets/posts/gffgtf/Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3 3.运行python代码转换格式,其实也就一条命令就能搞定 Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1912 64 bit (AMD64)] :: Anaconda, Inc. on win32 Type "help", "copyright", "credits"...
转换的话需要在linux下进行,Cufflinks里面的工具gffread #gff2gtfgffread my.gff3 -T -o my.gtf#gtf2gffgffread merged.gtf -o- > merged.gff3 上面这两步是对gff3和gtf格式的文件进行相互转换。 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fagffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fagffread ...
以stringTie组装并merge后的结果文件(merged.gtf)为例,参考基因组注释文件为gencode.vM13.annotation.gtf,compare下两者的结果并进行注释 gffcompare -R -r gencode.vM13.annotation.gtf -o strtcmp merged.gtf 输出文件几乎跟cuffcompare一样,除了结果中的.combined.gtf变为.annotated.gtf,但是文件里的格式几乎是一...
在单细胞cellranger软件建库的时候必须要用GTF文件,但是有时候有些基因组只有GFF,这时候就需要转换一下格式。 1、GTF的格式类型 GTF3 (9 feature types accepted): gene, transcript, exon, CDS, Selenoproteine, start_codon, stop_codon, three_prime_utr and five_prime_utr ...
您好老师，我想问一下我利用gffread把gff文件转换成gtf时，老提示duplicate/invalid 'mRNA' feature ID=...
这个其实在服务器联网的状态下,操作起来十分简单 首先给服务器安装conda 然后用conda安装gffread conda install-c bioconda gffread 安装好之后,一条命令搞定 gffread HC.gff3 -T -o HC.gtf 反过来也可以 gffread HC.gtf -o HC.gff3 如果没有linux系统,那么可以采用biopython ...
gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF(基于1)格式的输入基因组注释,并将特定特征转换为6列BED格式(基于0),同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时,此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处
如:gff转化为gtf gffread gencode.vM13.annotation.gff3 -T -o tmp.gtf 输入文件如下: chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . transcript_id"ENSMUST00000193812.1"; gene_id"ENSMUSG00000102693.1"; gene_name"4933401J01Rik"; 从结果上来看,gffread定义的gtf文件变得更为省略了,并且还有做了些限制,当然这...
接触过基因组和转录组的小伙伴肯定对这两个格式不陌生吧,这是基因组的注释文件,但比较烦人的是有些时候需要gtf格式,有时候需要gff3格式,所以需要一个方法,可以在这两种格式之间相互转换。 先来了解一下这两种格式 Gff3全称General Feature Format Version 3 ...