gff.gff_to_gtf(file="./test.gff") 结果评价 我们使用小鼠NCBI-mm10版本进行评测,统计结果如下,结果显示cufflinks-gffread 和UCSCtools-gff3ToGenePred基本上会丢失很多的feature-type,基本上只留下了CDS和exon,python3-bioinfokit可以多保留一些,包括miRNA、transcript等信息,但都不尽如人意,在复杂的结构注释情况...
转换的话需要在linux下进行,Cufflinks里面的工具gffread #gff2gtf gffread my.gff3 -T -o my.gtf #gtf2gff gffread merged.gtf -o- > merged.gff3 上面这两步是对gff3和gtf格式的文件进行相互转换。 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fa gffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fa g...
使用conda安装:conda install -c bioconda gffread #gff3 to gtf gffread all.gff3 -T -o all.gtf #gtf to gff3 gffread all.gtf -o- > all.gff3
conda install -c bioconda bioinfokit 2.下载测试用的gff3格式的注释文件 https://reneshbedre.//assets/posts/gffgtf/Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3 3.运行python代码转换格式,其实也就一条命令就能搞定 Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1912 64 bit (AMD64)] :: ...
适用于 NCBI 数据库中 gff 格式文件转换为 gtf 格式,使用 perl 代码实现: #!/usr/bin/perl -wusestrict;useGetopt::Long;useData::Dumper;my($help,$infile,$outdir,$gff2gtf,$gene2tr);GetOptions("infile=s"=>\$infile,"outdir:s"=>\$outdir,"gene2rt!"=>\$gene2tr,"gff2gtf!"=>\$gff...
如:gff转化为gtf gffread gencode.vM13.annotation.gff3 -T -o tmp.gtf 输入文件如下: chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . transcript_id"ENSMUST00000193812.1"; gene_id"ENSMUSG00000102693.1"; gene_name"4933401J01Rik"; 从结果上来看,gffread定义的gtf文件变得更为省略了,并且还有做了些限制,当然这...
你的mRNA ID和基因ID相同了,你把所有的mRNAID后面批量加一个.1吧
gfftobed 转换GFF3 / GTF到BED 该程序采用GFF3或GTF(基于1)格式的输入基因组注释,并将特定特征转换为6列BED格式(基于0),同时保留注释文件属性列的任何所需字段。 当需要围绕特定特征和唯一ID的基因组间隔时,此功能很有用。 它还可以在每个功能周围添加一个窗口。 处
https://reneshbedre.github.io//assets/posts/gffgtf/Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3 3.运行python代码转换格式,其实也就一条命令就能搞定 Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1912 64 bit (AMD64)] :: Anaconda, Inc. on win32 ...
接触过基因组和转录组的小伙伴肯定对这两个格式不陌生吧,这是基因组的注释文件,但比较烦人的是有些时候需要gtf格式,有时候需要gff3格式,所以需要一个方法,可以在这两种格式之间相互转换。 先来了解一下这两种格式 Gff3全称General Feature Format Version 3 ...