转换的话需要在linux下进行,Cufflinks里面的工具gffread #gff2gtfgffread my.gff3 -T -o my.gtf#gtf2gffgffread merged.gtf -o- > merged.gff3 上面这两步是对gff3和gtf格式的文件进行相互转换。 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fagffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fagffread ...
按照官网的说法,gffcompare可以用来compare, merge, annotate and estimate accuracy of one or more GFF files,并且这个软件是基于cuffcompare开发的,所以gffcompare很多输入和输出文件都与cuffcompare相同 参数通过gffcompare -h命令查看即可 以stringTie组装并merge后的结果文件(merged.gtf)为例,参考基因组注释文件为gencode...
您好老师，我想问一下我利用gffread把gff文件转换成gtf时，老提示duplicate/invalid 'mRNA' feature ID=...
singularity exec /path/to/Software/agat_1.0.0--pl5321hdfd78af_0.sif agat_convert_sp_gff2gtf.pl --gff test.gff3 -o test.gtf 参数 默认输出的就是GTF3的格式,结果如下: 3)、其他(未尝试) genome tools http://genometools.org/tools/gt_gff3_to_gtf.html ea-utils https://github.com/Expre...
如:gff转化为gtf gffread gencode.vM13.annotation.gff3 -T -o tmp.gtf 输入文件如下: chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . transcript_id"ENSMUST00000193812.1"; gene_id"ENSMUSG00000102693.1"; gene_name"4933401J01Rik"; 从结果上来看,gffread定义的gtf文件变得更为省略了,并且还有做了些限制,当然这...
(转) gffcompare和gffread | gtf | gff3 格式文件的分析 | gtf处理 | gtfparse 2018-03-19 06:07 −... Life·Intelligence 0 6039 其它wps去广告 2019-12-21 00:10 −原文:http://www.360doc.com/content/19/0618/15/38017100_843312032.shtml 原文:http://wps.crcc.cn/ ... ...
这个其实在服务器联网的状态下,操作起来十分简单 首先给服务器安装conda 然后用conda安装gffread conda install-c bioconda gffread 安装好之后,一条命令搞定 gffread HC.gff3 -T -o HC.gtf 反过来也可以 gffread HC.gtf -o HC.gff3 如果没有linux系统,那么可以采用biopython ...
接触过基因组和转录组的小伙伴肯定对这两个格式不陌生吧,这是基因组的注释文件,但比较烦人的是有些时候需要gtf格式,有时候需要gff3格式,所以需要一个方法,可以在这两种格式之间相互转换。 先来了解一下这两种格式 Gff3全称General Feature Format Version 3 ...