Junction Expression 分别对应转录本,外显子,剪切序列的表达量,对于不同组织中的表达量,以热图的形式进行展示,示意如下 对于基因结构,也进行了可视化,示意如下 eQTL的结果示意如下 提供了以下两种可视化方式,第一种是在单个组织内的小提琴图,eQTL violin plot, 示意如下 第二种用于多个组织间的比较,Multi-tissue eQTL...
GTEx全称如下 Genotype-Tissue Expression 该项目对来自人体多个组合和器官的样本,同时进行了转录组测序和基因分型分析,构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库。网址如下 https://gtexportal.org/home/ 包含的组织类型和样本个数如下图所示 对于所有的样本,主要进行了以下三种分析 1. RNA... ...
另外两篇文章之一从人所有组织中的基因表达谱进行了描述,证明了组织特异性的某些基因往往决定了组织特异性基因的表达调控;另一篇解释了截短的蛋白变异体如何影响组织中的基因表达。 The Genotype-Tissue Expression (GTEx) pilot analysis: Multitissue gene regulation in humans The human transcriptome across tissues a...
其原因是,不同的人体组织表达的基因并不相同。GTEx项目,通过收集健康人体的不同组织样本,尝试了解人类不同组织/器官的特异性基因表达。 从本期开始,我们将介绍GTEx数据库。这是一个值得大家深度学习的数据库。GTEx项目,全称Genotype-TissueExpression (基因型-组织表达) ,主要由美国NIH(国立卫生研究院)的公共基金计划...
GTEx项目最初来自人类研究,全称Genotype-Tissue Expression (基因型-组织表达),旨在建立全面的公共资源来研究组织特异性基因的表达和调控,即找到序列与实际性状(疾病)的关系,确定不同基因究竟如何影响表达。GTEx计划是现有规模最大的人类器官转录组研究计划,主要由美国NIH(国立卫生研究院)的公共基金计划连续资助了10年(20...
GTEx项目对来自人体多个组合和器官的样本,同时进行了转录组测序和基因分型分析,构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库:Genotype-Tissue Expression (GTEx) 1. 背景知识 一期 2015年,GTEx发布了第一个阶段性成果,一次性在Science杂志上发表三篇研究成果,该成果还被选为封面文章。GTEx的研究从175名死者身上采集...
GTEx数据库是Genotype-Tissue Expression (GTEx)项目的一部分,旨在分析人类组织和基因型之间的关系。该数据库提供了来自超过50种不同组织的基因表达数据,可以帮助研究人员了解基因在不同组织中的表达模式。此外,GTEx数据库还提供了基因变异、遗传关联等信息,为研究人员进一步探索基因与疾病之间的关系提供了基础。
Genotype-Tissue Expression 该项目对来自人体多个组合和器官的样本,同时进行了转录组测序和基因分型分析,构建了一个组织特异性的基因表达和调控的数据库。网址如下 https://gtexportal.org/home/ 包含的组织类型和样本个数如下图所示 对于所有的样本,主要进行了以下三种分析 ...
疑惑一:什么是GTEx数据库? 答:GTEx全称是Genotype-Tissue Expression,称为基因型组织表达。GTEx首次出现是2013年在Nature Genetics杂志上发表的文章The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project中,该文中首次介绍了Genotype-Tissue Expression,并成立了Genotype-Tissue Expression Consortium。2015年发表在Science上标题为The...
Genotype-Tissue Expression(GTEx):GTEx数据库是一个由美国国立卫生研究院(NIH)资助的项目,旨在研究基因型和组织表达之间的关系。 该数据库包含了来自838位生前健康的人类捐献者的DNA数据(包括Whole Genome Sequencing和Whole Exome Sequencing),以及来自近1000个人类个体的17382份RNA-seq数据,这些数据涵盖了54个不同的...