【GSAman 使用记录】 这里是佳奥! 这里记录一些我使用GSAman 的心得。 1、.gsaman文件 选择一个.gff3文件,直接修改文件后缀为.gff3.gsaman 把修改后缀的文件拖入即可,会创建索引文件 2、选择.gsaman的注释片段 右键Copy CDS查看是否ATG开头,TAG结尾 右键Copy mRNA序列,进TBtools,ORF Prediction——Complete/Partia...
第一时间报名参加(当时群里才20~30人,现在已经300多人),这一个月的时间里,CJ大佬高强度迭代了几十个版本,我也是用着不断升级的GSAman,花了约二十天完成了矫正,这当中还因为上文提到的各种坑完全重做了一次。
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文件格式兼容性问题：尽管test.gff.gsaman是在gsaman工具中修改后保存的文件，但可能存在某些格式不兼容...
既然软件不行,那就只能上人工了,在GSAman开发之前,人工做基因结构注释的软件相对较好的大概就是apollo了。安装复杂,好在有docker,勉强也用上了。然而及其难用,首先它对gff文件的兼容性极差,也没有报错信息,只能来来回回的调整gff,好不容易正确显示出基因结构了,想改也不是那么容易,首先要把目的转录本一个个调整...
用GSAman右键直接插入一个外显子,然后调整到合适大小。在筛选时如果遇到同一位置上很多reads一样的变异,那大概率是需要矫正的地方。其它外显子边界的indel类错误大都可以这样来定位,难的是错配,因为错配在CIGAR中看不出来,deSALT输出的sam没有错配的位置信息。不过Minimap2可以在比对时增加MD参数获得错配位置从而...
问题快速解决,愉快使用TBtools生信生信数据 注意:社群由专门公司团队运营,入群加他们运营人员,并发10元红包。 至于GSAman? 欢迎了解基因结构注释人工矫正软件 GSAman,目前软件未发表,处于内测阶段,有需要可以 参考文档操作,进内测群获取下载链接,《GSAman Cookbook》: https://www./cjchen/ra7ghy...
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