安装GSAman 比较简单,下载好安装器之后,双击安装即可。MacOS下可能有软件安全提示,不用担心,没有毒。 如何开始 GSAman 模式 要开启 GSAman 模式,只需要修改一个GFF3或者GTF文件的文件名后缀为.gsaman 或者 .gsawoman 即可。后者是内存模式,速度快1000倍。 使用鼠标拖拽调整外显子边界 键盘摁住 CTRL,鼠标拖拽接口...
IGV-sRNA&GSAman实例介绍 MAVISSSSSS 1593 1 8 生物学通路KEEG、注释及基因功能富集分析. 火星合作社 4602 0 TBtools快速进行基因家族分析|综合进化树、Motif、Domin、Gene Structure图 Initialsjm 2.2万 4 1.2.0基因的结构 双木林生物课堂 7546 1 8、基因组注释与基因注释原理及常用软件使用方法 同济谷哥 ...
GSAman 安装器直接附带了 BLAT 可执行程序(支持Windows和MacOS)。相比于IGV原始版本多年未解决且可能未计划解决的基因组浏览器中序列查找痛点,GSAman增加了相应选项和功能。用户可在主菜单「View」->「Preference」->「Advanced」勾选「Local BLAT」选项,从而启用本地 BLAT 功能(注意:无需自行安装BLAT,GSAman已经全...
按照常规使用,我们直接导入 IGV 就可以看到 而要使用 GSAman 功能,那么非常简单,直接给 GFF3 或者 GTF 注释信息文件添加 .gsaman 后缀,然后导入即可。 第一次导入需要画一点时间,可能文件非常大,比如100Mb以上,要花一两分钟...后续的每次使用,则反而比常规 GFF3 导入更快。 GSAman 特性一:直接修改基因结构注...
基因结构注释矫正神器IGV-GSAman简介.mp4 28232022-10-15CJchen-0410 00:47 IGV 2.16 综合性基因组学可视化下载安装视频 免激活 42023-04-03bili_41757829033 00:51 IGV 2.1.6版 测序数据进行可视化 如何下载并安装 适合新手的 102023-04-02bili_53820285277 00:53 IGV 2.16 综合性基因组学可视化安装视频攻...
IGV从「GSAman」到「GSAwoman」,加速1000倍!支持大基因组~也没想到就这样搞定了直接从内存操作然后另开一个线程间隔5min自动导出到文件 IGV从「GSAman」到「GSAwoman」,加速1000倍!支持大基因组~ 转眼就是 10月16日。每每如此,写一个小工具,总是计划两三个小时写完,然后就这样。后来优化优化再优化,这样半个...
一番折腾,基本覆盖了之前「IGV-GSAme」的所有功能,而现在的「IGV-GSAman」功能更全,更稳健,后面优化空间更大。 Copy CDS Sequence,右键可以直接复制整个mRNA转录本对应的全长 CDS,方便后续分析 Copy mRNA Sequence,右键直接复制mRNA序列全长 Delete this Transcript,删除鼠标点击的转录本,注意到,如果是最后一个转录...
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IGV的使用痛点之一,是无法直接复制CDS或者mRNA序列。在GSAmanTrack中,鼠标右键菜单中可以直接支持。 支持异常外显子边界自动检测 GSAman中调整外显子边界,可以开启边界序列模式自动检测功能,可以辅助更好进行基因结构注释矫正的优化。 展示丰富的注释信息 在GSAman中,支持自定义展示的注释信息,以及标注信息,方便进行数据...
GSAman 安装器直接附带了 BLAT 可执行程序(支持Windows和MacOS)。相比于IGV原始版本多年未解决且可能未计划解决的基因组浏览器中序列查找痛点,GSAman增加了相应选项和功能。用户可在主菜单「View」->「Preference」->「Advanced」勾选「Local BLAT」选项,从而启用本地 BLAT 功能(注意:无需自行安装BLAT,GSAman已经全...