GSAman 安装器直接附带了 BLAT 可执行程序(支持Windows和MacOS)。相比于IGV原始版本多年未解决且可能未计划解决的基因组浏览器中序列查找痛点,GSAman增加了相应选项和功能。用户可在主菜单「View」->「Preference」->「Advanced」勾选「Local BLAT」选项,从而启用本地 BLAT 功能(注意:无需自行安装BLAT,GSAman已经全...
IGV-sRNA&GSAman实例介绍 MAVISSSSSS 1593 1 8 生物学通路KEEG、注释及基因功能富集分析. 火星合作社 4602 0 TBtools快速进行基因家族分析|综合进化树、Motif、Domin、Gene Structure图 Initialsjm 2.2万 4 1.2.0基因的结构 双木林生物课堂 7546 1 8、基因组注释与基因注释原理及常用软件使用方法 同济谷哥 ...
GSAman 安装器直接附带了 BLAT 可执行程序(支持Windows和MacOS)。相比于IGV原始版本多年未解决且可能未计划解决的基因组浏览器中序列查找痛点,GSAman增加了相应选项和功能。用户可在主菜单「View」->「Preference」->「Advanced」勾选「Local BLAT」选项,从而启用本地 BLAT 功能(注意:无需自行安装BLAT,GSAman已经全...
按照常规使用,我们直接导入 IGV 就可以看到 而要使用 GSAman 功能,那么非常简单,直接给 GFF3 或者 GTF 注释信息文件添加 .gsaman 后缀,然后导入即可。 第一次导入需要画一点时间,可能文件非常大,比如100Mb以上,要花一两分钟...后续的每次使用,则反而比常规 GFF3 导入更快。 GSAman 特性一:直接修改基因结构注...
相比于 IGV 原版本,GSAman在装载基因结构注释信息文件时,采用完全索引方式,第一次装载后,后续任何一次打开 GSAman,都直接利用已有索引,速度极快 2. 更好看且直观的显示模式 使用橙色表示当前基因组正链上的转录本,使用蓝色表示当前基因组反链上的转录本,使用深灰色表示无链性的转录本。
IGV从「GSAman」到「GSAwoman」,加速1000倍!支持大基因组~ 转眼就是 10月16日。每每如此,写一个小工具,总是计划两三个小时写完,然后就这样。后来优化优化再优化,这样半个月也就过去。 IGV-GSAman在处理绝大多数物种基因组上,速度已经足够快了。不过出乎意料的,还是有朋友联系过来,说确实不快。聊了一下,用的...
在GSAman中,支持自定义展示的注释信息,以及标注信息,方便进行数据挖掘。 时光机/回退操作 有时候不小心搞错了,错误调整边界或者删除了转录本等,可以撤回操作。时光机支持单步或多步回退。用户可以使用 Alt+Z,回退到上一步。 切换正反链着色模式 有朋友认为正反链着色应该调换一下,所以有这个功能。
按照常规使用,我们直接导入 IGV 就可以看到 而要使用 GSAman 功能,那么非常简单,直接给 GFF3 或者 GTF 注释信息文件添加 .gsaman 后缀,然后导入即可。 第一次导入需要画一点时间,可能文件非常大,比如100Mb以上,要花一两分钟...后续的每次使用,则反而比常规 GFF3 导入更快。 GSA...
基因结构注释矫正神器IGV-GSAman简介.mp4 28232022-10-15CJchen-0410 00:47 IGV 2.16 综合性基因组学可视化下载安装视频 免激活 42023-04-03bili_41757829033 00:51 IGV 2.1.6版 测序数据进行可视化 如何下载并安装 适合新手的 102023-04-02bili_53820285277 00:53 IGV 2.16 综合性基因组学可视化安装视频攻...
相比于 IGV 原版本,GSAman在装载基因结构注释信息文件时,采用完全索引方式,第一次装载后,后续任何一次打开 GSAman,都直接利用已有索引,速度极快 2. 更好看且直观的显示模式 使用橙色表示当前基因组正链上的转录本,使用蓝色表示当前基因组反链上的转录本,使用深灰色表示无链性的转录本。