也可以直接使用快捷键 Alt+J,直接调出Quick Jump窗口。 直接复制 CDS、mRNA序列和ID IGV的使用痛点之一,是无法直接复制CDS或者mRNA序列。在GSAmanTrack中,鼠标右键菜单中可以直接支持。 支持异常外显子边界自动检测 GSAman中调整外显子边界,可以开启边界序列模式自动检测功能,可以辅助更好进行基因结构注释矫正的优化。
基因组可视化软件IGV的使用方法 微辣大鸡腿 8851 30 第五讲——基因组注释的门门道道 菲沙基因 2420 0 基因结构预测和功能注释 种地的冤种 2647 0 IGV-sRNA&GSAman实例介绍 MAVISSSSSS 1593 1 8 生物学通路KEEG、注释及基因功能富集分析. 火星合作社 4602 0 TBtools快速进行基因家族分析|综合进化树、Motif...
用户可在主菜单「View」->「Preference」->「Advanced」勾选「Local BLAT」选项,从而启用本地 BLAT 功能(注意:无需自行安装BLAT,GSAman已经全部准备好了)。 启动后,GSAman中所有与BLAT相关功能都不再依赖于UCSC网站更甚至是自建服务器,在本地就可以直接完成。 堪称完美。简单检索下,发现相关问题,真的有不少人问...
按照常规使用,我们直接导入 IGV 就可以看到 而要使用 GSAman 功能,那么非常简单,直接给 GFF3 或者 GTF 注释信息文件添加 .gsaman 后缀,然后导入即可。 第一次导入需要画一点时间,可能文件非常大,比如100Mb以上,要花一两分钟...后续的每次使用,则反而比常规 GFF3 导入更快。 GSAman 特性一:直接修改基因结构注...
IGV从「GSAman」到「GSAwoman」,加速1000倍!支持大基因组~也没想到就这样搞定了直接从内存操作然后另开一个线程间隔5min自动导出到文件 IGV从「GSAman」到「GSAwoman」,加速1000倍!支持大基因组~ 转眼就是 10月16日。每每如此,写一个小工具,总是计划两三个小时写完,然后就这样。后来优化优化再优化,这样半个...
一番折腾,基本覆盖了之前「IGV-GSAme」的所有功能,而现在的「IGV-GSAman」功能更全,更稳健,后面优化空间更大。 Copy CDS Sequence,右键可以直接复制整个mRNA转录本对应的全长 CDS,方便后续分析 Copy mRNA Sequence,右键直接复制mRNA序列全长 Delete this Transcript,删除鼠标点击的转录本,注意到,如果是最后一个转录...
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IGV的使用痛点之一,是无法直接复制CDS或者mRNA序列。在GSAmanTrack中,鼠标右键菜单中可以直接支持。 支持异常外显子边界自动检测 GSAman中调整外显子边界,可以开启边界序列模式自动检测功能,可以辅助更好进行基因结构注释矫正的优化。 展示丰富的注释信息 在GSAman中,支持自定义展示的注释信息,以及标注信息,方便进行数据...
相比于 IGV 原版本,GSAman在装载基因结构注释信息文件时,采用完全索引方式,第一次装载后,后续任何一次打开 GSAman,都直接利用已有索引,速度极快 2. 更好看且直观的显示模式 使用橙色表示当前基因组正链上的转录本,使用蓝色表示当前基因组反链上的转录本,使用深灰色表示无链性的转录本。
相比于 IGV 原版本,GSAman在装载基因结构注释信息文件时,采用完全索引方式,第一次装载后,后续任何一次打开 GSAman,都直接利用已有索引,速度极快 2. 更好看且直观的显示模式 使用橙色表示当前基因组正链上的转录本,使用蓝色表示当前基因组反链上的转录本,使用深灰色表示无链性的转录本。针对CDS,使用黑色框线标识,方...