GSAman 安装器直接附带了 BLAT 可执行程序(支持Windows和MacOS)。相比于IGV原始版本多年未解决且可能未计划解决的基因组浏览器中序列查找痛点,GSAman增加了相应选项和功能。用户可在主菜单「View」->「Preference」->「Advanced」勾选「Local BLAT」选项,从而启用本地 BLAT 功能(注意:无需自行安装BLAT,GSAman已经全...
相比于 IGV 来说,GSAman 优化支持了定点缩放。用户可以通过下述三种方式进行定点缩放: 摁住鼠标左右键,同时鼠标滚轮; 键盘摁住 ctrl,同时鼠标滚轮; 键盘摁住 alt,同时鼠标滚轮。 29.导出 Log 原版IGV 运行信息均放置于用户目录下的igv.log下,并不方便沟通。GSAman支持导出 log 信息文件,基于导出的文件就可以快速...
IGV的使用痛点之一,是无法直接复制CDS或者mRNA序列。在GSAmanTrack中,鼠标右键菜单中可以直接支持。 支持异常外显子边界自动检测 GSAman中调整外显子边界,可以开启边界序列模式自动检测功能,可以辅助更好进行基因结构注释矫正的优化。 展示丰富的注释信息 在GSAman中,支持自定义展示的注释信息,以及标注信息,方便进行数据挖...
你一定要注意,键盘按住Ctrl或者Command键,就可以鼠标拖拽修改外显子的位置,这个是个秘诀。 当然,最好是参考这个博文《IGV-GSAman | 极大提高「功能基因组学」研究效率的基因组浏览器》。 还支持临时存档,时光机《GSAman | 「时光机」!人工矫正基因结构注释神器新特性~》。我们支持「后悔模式」,比如你刚刚做的操...
10月份的主要工作之一是开发和完善 IGV-GSAman,我完全有信心说 GSAman 是目前人工矫正基因结构注释的最佳解决方案。核心功能全有,不必 Apollo 少。甚至在一些功能上,应是更优。另外一个关键点是,GSAman 绝对是比 Apollo 快,尤其是使用 gsawoman 模式(默认是 gsaman 模式),两个模式类似,但是 gsawoman 模式非常...
IGV-sRNA&GSAman实例介绍 MAVISSSSSS 1593 1 8 生物学通路KEEG、注释及基因功能富集分析. 火星合作社 4602 0 TBtools快速进行基因家族分析|综合进化树、Motif、Domin、Gene Structure图 Initialsjm 2.2万 4 1.2.0基因的结构 双木林生物课堂 7546 1 8、基因组注释与基因注释原理及常用软件使用方法 同济谷哥 ...
GSAman最新版本:0.7.0 「TBtools」没有拿到经费支持,但「GSAman」 拿到了亚热带国重自主项目的支持。前述提及,年内不更新 GSAman,除非有大bug。原本我是想集中精力,专心做生物学问题。但最近的情况是: 「GSAman」有开发经费项目支持; 收到了两三个兄弟课题组的小朋友说 GSAman 的时光机有问题,导致所有修改丢...
DON PERRYMANOF THE NEWS STAFF
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