简单介绍这半个月抽空实现的一个小工具,IGV-GSAman,可用于快速高效开展大规模基因结构注释矫正工作。, 视频播放量 2788、弹幕量 1、点赞数 98、投硬币枚数 52、收藏人数 135、转发人数 33, 视频作者 CJchen-0410, 作者简介 不会Coding的农民,不是好的吃货,相关视频:【
10月份的主要工作之一是开发和完善 IGV-GSAman,我完全有信心说 GSAman 是目前人工矫正基因结构注释的最佳解决方案。核心功能全有,不必 Apollo 少。甚至在一些功能上,应是更优。另外一个关键点是,GSAman 绝对是比 Apollo 快,尤其是使用 gsawoman 模式(默认是 gsaman 模式),两个模式类似,但是 gsawoman 模式非常...
当然,最新版本还增加了几个功能,其中主要来自于网友“牧心”的建议。基于他的说法,他已经用 GSAman 完成了自己基因的基因结构注释矫正,几天时间鼓捣了几百个基因的注释矫正。用的还是旧版本,如果是最新版本,我估计一天可能就完成了(或许)... 至于最新增加的功能,大体如下: 内含子区域直接插入外显子 前述为了偷懒...
通过鼠标右键打开「Auto Splicing Site Coverage Check」(默认自动打开),则会对每一个可变剪切位点进行检测,并在没有测序数据支持的可变剪切位点上做出「星号」提示。对于进行精细结构注释或者可变剪切本边界可靠性判断来说,会有一定用处。 28.定点缩放 相比于 IGV 来说,GSAman 优化支持了定点缩放。用户可以通过下述三...
GSAman中调整外显子边界,可以开启边界序列模式自动检测功能,可以辅助更好进行基因结构注释矫正的优化。 展示丰富的注释信息 在GSAman中,支持自定义展示的注释信息,以及标注信息,方便进行数据挖掘。 时光机/回退操作 有时候不小心搞错了,错误调整边界或者删除了转录本等,可以撤回操作。时光机支持单步或多步回退。用户可以...
1.安装 GSAman 安装GSAman 非常简单 2.导入 GSAman Track 3.鼠标拖拽调整外显子边界 键盘摁住CTRL,鼠标拖拽 4.快速跳转到附近基因位置(Alt+J) 5.直接复制CDS/mRNA序列 6.实时自动检测可变剪切位点 7.便捷展示丰富的注释信息 8.时光机/撤回操作(Alt+Z) ...
GSAman中调整外显子边界,可以开启边界序列模式自动检测功能,可以辅助更好进行基因结构注释矫正的优化。 展示丰富的注释信息 在GSAman中,支持自定义展示的注释信息,以及标注信息,方便进行数据挖掘。 时光机/回退操作 有时候不小心搞错了,错误调整边界或者删除了转录本等,可以撤回操作。时光机支持单步或多步回退。用户可以...
正如GSAman,如果不写他,那我不时就会想起来失败的 GSAme。难受!于是,今天推出 IGV-GSAman 的新特性,名为「Time Machine」,也就是时光机。因为他比简单的说「撤回」来得有意思。 Time Machine 接口 增加了「Time Machince」,会记录从当前打开 IGV-GSAman 开始,对注释进行的所有调整。
本次报告人非常多,据说每个人不到15min,都是大佬。而会前培训则每个人会有长达一小时的时间,比较适合我这类话多的,感觉挺好。正好可以给大伙详细介绍一下 GSAman 软件的开发缘由和具体现状,以及实际操作。 由于时间安排上我是第一个,14:00,于是得提前一天过去武汉(目测没有高铁赶得上,同时贵阳这几天都是大雨...
我们讨论了下,开始「IGV-GSAman」的内测,建立「内测微信群」,实施: 邀请制,由我们直接邀请进群 实名制,进群后需要标注「单位-姓名」 如果没有加我们微信的,可加师弟「刘鸿森」微信「sen1019san」,他会邀请你进群。欢迎确实有人工矫正基因注释需求或者有相关经验的朋友参与。